zhouzhaoyin

zhouzhaoyin @zhouzhaoyin

16 粉丝 11 关注

组织

@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • MD Operation (auto)
    85.9 /home/databank/zzy/test/MD_auto_workdir source ~/zzy/gmx2024.4-gpu.sh source ~/xcy/env/amber24.sh export OMP_NUM_THREADS=10 export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1,2 file you need prepare: 'syste
    share 2025-08-18 10:15:30    zhouzhaoyin
  • MD Operation (old)
    Written in front Please remember that this is a very rough tutorial (honestly, I’m somewhat ashamed to call it a tutorial because it’s too rough). The only purpose of this "tutorial" is to help you na
    share 2025-08-18 10:07:21    zhouzhaoyin
  • Introduction for MD
    brief mechanism Key interactions calculated in MD Example of MD results (trajectories)
    share 2025-08-18 10:06:25    zhouzhaoyin
  • 0810
    HSBD 2025-08-15 10:47:23    zhouzhaoyin
  • MD 流程化
    2025-2-26 2.2 使用 tleap 生成 Amber 参数文件 输入文件：配体参数，蛋白结构，配体结构 输出文件：Amber MD 参数文件（.prmtop 和 .inpcrd） 脚本：md_parm_gen.py 负责人：周兆寅 一次成功的GPT辅助脚本撰写，几次request如下： 告知输入和输出，脚本的目的，以及核心代码 补充要求，加个用户自定义参数 粗看一
    MD 2025-08-11 12:00:53    libinghui
  • 0730
    备注 d3sim 中的26509 是 d3sim 筛选得到的，当时买化合物送活性的时候，除了对接的，smi 筛出来的也跳了17个
    HSBD 2025-08-01 18:17:55    zhouzhaoyin
  • revise
    投稿前 0715 根据两位老师的修订进行修改 0722 0719 朱老师指出稿子里存在不少重复，冗余的情况，需要狠狠的修改语言，实验内容问题不大 0722 根据deepseek，进行语言优化，对部分冗余的表述进行了修改。这一轮修改下来的感觉是确实需要大修，尤其是网药以外的部分，语言表述需要完善。 0723 经几位老师讨论，建议先按照 民族药理学报的格式准备稿子 在调格式之前，
    HSBD 2025-07-29 22:10:49    zhouzhaoyin
  • write
    文章最新版 初稿 Fig_table 最新版 所需材料（随时更新） 葛根芩连汤、麻杏石甘汤量效的循证医学评价_赵思佳.pdf 网药分析 PPI 85.3 /home/yqyang/zzy/project/hsbd/np/ppi/analysis awk '$2>0.02{print}' dc_bc_cc |awk
    HSBD 2025-07-26 16:32:03    zhouzhaoyin