Analyze MD trajectories

写在前面

轨迹处理

# 你想看你的体系中哪些东西，就把他们放进一个group，常用的是 protein|mol|ions
！建议在md 工作文件夹下建一个新的文件夹 （analysis之类的），md的文件很多，及时整理会大大减小出错的可能性
gmx_mpi make_ndx -f ../md.gro -o index.ndx


# 处理周期性
！注意：提前制作index.ndx
# skip 参数可自行调整，代表着间隔几帧输出一次，建议一开始调的大一些，把traj.pdb下载到本地看一下，你能看到里面有几帧，如果数量太少，可以减小间隔的数目
gmx_mpi trjconv -f ../md.xtc -s ../md.tpr -n index.ndx -o traj.pdb -skip 1000 -pbc mol -ur compact
# 注意选择你要看的那个组（就是上面index.ndx里的那个）
# 输出 traj.pdb 不是特别划算，因为文件会比较大，但是下一步就比较方便


# cpptraj 使你的轨迹对齐
！注意：部分服务器（如24）需要先激活环境 conda activate ambertools
命令行输入：cpptraj
> parm traj.pdb
> trajin traj.pdb
> autoimage
> rms
> trajout look.pdb
> run
# 跑完就 ctrl C 退出cpptraj 即可
# look.pdb就是一个可以可视化的轨迹（一帧帧的pdb，pymol里可以直接看，播放一下，你的蛋白质就动起来了，还是很有趣的，如果你看到了这个过程，恭喜你，你算是完成了一个MD，虽然这实际上是刚开始：），祝你在md的坑里越走越远（bushi)）

FEL（年久失修，待完善）

1. 获取特征（x,y数据）
2. 数据正则化
3. 计算能量（概率分布）
4. 画图

实例一：trip13-0415的fel绘制（28个副本 ）

nohup sh -c 'for i in {0..27};do echo 1 13|gmx_mpi rms -s ../ref.pdb -f /home/databank/zzy/project/trip13/0415_500ns/vsremd20230609/500ns/cpp/0415${i}.xtc -n index.ndx -o AAA_ATPase${i}_rmsd.xvg;done' &

nohup sh -c 'for i in {0..27};do echo 1 1|gmx_mpi rms -s ../ref.pdb -f /home/databank/zzy/project/trip13/0415_500ns/vsremd20230609/500ns/cpp/0415${i}.xtc -o pro${i}_rmsd.xvg;done' &

#文本处理，得到x，y轴的数据
# 删除#/@开头的行
for i in {0..27};do sed -i '/^#/d' pro${i}_rmsd.xvg;done
for i in {0..27};do sed -i '/^@/d' pro${i}_rmsd.xvg;done
for i in {0..27};do sed -i '/^#/d' AAA_ATPase${i}_rmsd.xvg;done
for i in {0..27};do sed -i '/^@/d' AAA_ATPase${i}_rmsd.xvg;done


## cut 的范围根据不同的feather灵活调整，gyrate就是4-23
for i in {0..27};do cat pro${i}_rmsd.xvg | cut -b 1-25 > y_${i}.xvg;done


for i in {0..27};do python xvg_combine.py ../AAA_ATPase${i}_rmsd.xvg y_${i}.xvg output${i}.xvg;done


## 若得到了正确的 output${i}.xvg 以下正则化步骤可直接照搬,
## 正则化后的 input-md${i}.csv 可直接用于脚本画图
for i in {0..27};do cat output${i}.xvg | cut -b 16-100 > input_md${i}.xvg;done
for i in {0..27};do sed -i '1 i aax                y' input_md${i}.xvg;done
for i in {0..27};do sed -i 's/aa/  /g' input_md${i}.xvg;done
mkdir input
cd input 
for i in {0..27};do awk '{print($1,",",$2)}' ../input_md${i}.xvg > input_md${i}.csv;done
for i in {0..27};do mv input_md${i}.csv input-md${i}.csv;done
for i in {0..27};do sed -i 's/x , y/x,y/g' input-md${i}.csv;done


ls > file
cp ../../../temp ./
### 检查顺序，input_list.csv 最终记录了每个副本的温度
paste -d ',' file temp > input_list.csv