2.13 轨迹处理-mmgbsa

85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/analysis/

轨迹处理

85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/analysis/periodic-processing
与3CL的处理方法一样，唯一的不同是3CL有部分体系跑了200ns，所以工作路径下用index1,index2分别进行了处理。PL统一都是index


nohup bash periodic-process-gpt.sh &

可视化检查

拓扑文件整理

85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/analysis/topology
for i in `cat index`;do mkdir -p $i;cp ../../sys-pre/tleap/$i/*prmtop ./$i/;done

结合自由能计算

85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/analysis/mmgbsa/workdir
(base) [dddc@localhost workdir]$ nohup bash mmgbsa-cal.sh &
[1] 53055
mpirun -np 100 MMPBSA.py.MPI -O -i ${inpdir}/igb5_0-100ns.in -o final.dat -cp ${topdir}/${sys}/native.prmtop -rp ${topdir}/${sys}/pro.prmtop -lp ${topdir}/${sys}/lig.prmtop -y ${trajdir}/${sys}/pbc-fit-${i}.xtc -eo mmgbsa.csv


# 4090 上有amber24,其中也有MMPBSA.py.MPI
4090 /home/data/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/analysis/mmgbsa/workdir
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/analysis/mmgbsa/workdir$ nohup bash mmgbsa-cal.sh &
[1] 2887199


# 初步检查，两个 MMPBSA.py.MPI 版本一样，都是 14.0
dddc@gpu-4090:~/zzy$ MMPBSA.py.MPI -v
MMPBSA.py.MPI 14.0
(base) [dddc@localhost workdir]$ MMPBSA.py.MPI -v
MMPBSA.py.MPI 14.0

RMSD计算

3CLpro

# 23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/analysis/rmsd/complex
# 计算3CL的体系全部RMSD
# GPT协助修改脚本 rmsd_cal.sh 运行即可运算
# 100ns内，体系很稳定
# 相关结果已用于基金结题报告撰写

PLpro

# 4090 /home/data/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/analysis/rmsd/complex
# GPT协助修改脚本 rmsd_cal.sh 运行即可运算
# 100ns内，体系很不稳定。结合轨迹可视化结果，分析原因是因为三聚体之间非作用力不强，存在散开的情况

挑选RMSD稳定的轨迹计算MM/GBSA?