2.26-3.17 HSP90 33sys

体系准备

# 23 /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hsp90/33sys/pdb
# 提取配体
for i in `cat index`;do grep HETATM ../${i}.ent|grep -v HOH|grep -v SO4 |grep -v MG|grep -v DMS >${i}-lig.pdb;done
# 提取蛋白
for i in `cat index`;do grep ATOM ../${i}.ent >${i}-pro.pdb;done
# 配体2017薛定谔ligprep

PDB 库中的配体批量下载

# 23 /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hsp90/33sys/pdb/ligand/pdb-3d-awk
# Ligand Expo 主页 中给出了pdb中全部配体的3D sdf文件下载链接
https://files.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers/components-pub.sdf.gz
# 同时也可以单个下载，初步判断两个文件是一致的
PDB Archive over AWS


# 可以根据配体在晶体结构中的名字（例如：PDB ID:6ei5中的B5Q)在components-pub.sdf中将结构信息提取


################################ "do.sh" 14L, 538C ############################################
for i in `cat index`; do
#   echo "$i"
    b=$(sed '1d' grep-error/pdb${i}-lig.pdb | awk '{print $4}' | sort | uniq)


    # 检查 b 是否只有一个唯一值
    if [[ $(echo "$b" | wc -l) -ne 1 ]]; then
        b=$(sed '1d' grep-error/pdb${i}-lig.pdb | awk '{print $4}' | sort | uniq | tr '\n' ' ')
        echo "警告：$i 的配体 ID 不唯一，需要检查: $b"
        continue
    fi


    awk -v id="$b" '$0 ~ id {x1=NR; found=1} found && /\$\$\$\$/{x2=NR; found=0; exit} found {print}' components-pub.sdf > ${i}-lig_${b}.sdf
done
###############################################################################################


# 需要检查的是，部分配体在晶体结构解析时，有多个坐标信息，这种是需要额外处理的
# 脚本的初代版本暂时不考虑这种情况，故去除33个测试体系中4个处于这种情况的体系，还剩29个
(base) [dddc@localhost ligand]$ sh do.sh 
警告：2ykj 的配体 ID 不唯一，需要检查: A1224 AYKJ BYKJ 
警告：5j2x 的配体 ID 不唯一，需要检查: A A6DL B6DL 
警告：5lnz 的配体 ID 不唯一，需要检查: A A70Z B70Z 
警告：6eya 的配体 ID 不唯一，需要检查: A AC4K BC4K 

3.6 update

/home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hsp90/33sys/pdb/ligand/auto-mouse
/home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hsp90/33sys/pdb/ligand/auto-mouse

1. 手动点击，体系数量较少的情况下，可以接受
2. 从pdbbind上获取配体结构信息，可考虑购买最新（2024）版本的pdbbind
3. 模拟鼠标点击(需要配置对应的环境，软件包），预计需要1-2天
4. 基于图的原子映射，不熟悉，无法估计预计时长

3.7 update

配体信息重新提取

# 23 /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hsp90/33sys/pdb/ligand/grep
# 提取配体
for i in `cat index`;do grep HETATM ../../${i}.ent|grep -v HOH|grep -v SO4 |grep -v MG|grep -v DMS >${i}-lig-coordinate.pdb;done
for i in `cat index`;do grep CONECT ../../${i}.ent>${i}-lig-conect.pdb;done
for i in `cat index`;do cat ${i}-lig-coordinate.pdb ${i}-lig-conect.pdb > ${i}-lig.pdb;rm ${i}-lig-coordinate.pdb ${i}-lig-conect.pdb;done
for i in `cat index`;do obabel -ipdb ${i}-lig.pdb -osdf -O ${i}-lig.sdf;done

wget-ligand-expo

23 /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hsp90/33sys/pdb/ligand/wget-ligand-expo
# 下载的链接是有规律的，下载脚本如下：
############################ "do.sh" 18L, 561C ######################################
for i in $(cat index); do
  # 提取 ligand 编号
  a=$(ls ../pdb-3d-awk/${i}* | sed "s/${i}-lig_//g" | sed 's/.sdf//g' | sed 's#../pdb-3d-awk/##g')


  # 取 a 的第一个字符作为 letter
  letter=${a:0:1}
  url="http://ligand-expo.rcsb.org/reports/${letter}/${a}/${a}_model.sdf"
  echo "尝试下载：${url}"


  wget -q "${url}" -O "${a}_model.sdf"
  if [ $? -eq 0 ]; then
    echo "成功从 ${letter} 下载 ${a}_model.sdf"
  else
    echo "从 ${letter} 下载失败，请检查或手动处理。"
    rm -f "${a}_model.sdf"
  fi
done
#####################################################################################

3.10 update

叠合

23 /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hsp90/33sys/pdb/ligand/align

3.17 update

叠合 phase_align_core

23 /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hsp90/33sys/pdb/ligand/align
# 经测试，能较好的叠合，但不能保证坐标完全一致

质子化

23 ligand/epik-schrodinger2021

检查29个体系

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