2025-4-2 SMD

输入文件

85.9 /home/databank/zzy/people/zyzhu
cp ~/zhuziyu/trip13/MDtest/md-operation/pre-equilibration/0168/npt/npt.gro ./
cp ~/zhuziyu/trip13/MDtest/md-operation/sys-pre/tleap/0168-tleap/gmx/topol.top ./


# 本地可视化检查npt.gro
# 删除 top 文件中 posre2.itp 对应的那几行，posre1改为posre


# 选择哪些原子进行位置限制是一个值得测试的点（需要可视化smd轨迹，检查蛋白残基是否发生不可形变）
# 目前可选择 Backbone
gmx_mpi genrestr -f npt.gro -o posre.itp

CV

# /home/databank/zzy/people/zyzhu/cv
# 注意修改“mask_MOL_3A.in”中的配体Index(gro中配体的‘氨基酸’序号)
# cpptraj 获得 配体周围3A残基索引 （mol-3A.dat）
cpptraj -i mask_MOL_3A.in


# 从cpptraj的输出结果转换为gmx pull_group1_name的索引
awk '{print $2}' mol-3A.dat |sed '1d'|sed ":a;N;s/\n/|a/g;ta" |sed 's/^/a/'|sed 's/|a$//' >> pkt_3A_atom_index

# pymol 里可检查 npt.gro中 pkt_3A_atom_index 这部分原子的质心与配体质心
# sele - modify - resn around 3A
PyMOL>select mol-3A, byres resn MOL around 3
PyMOL>pseudoatom pkt_center, mol-3A
PyMOL>pseudoatom mol_center, resn MOL

# pkt_3A_atom_index 的内容直接用于生成group
gmx_mpi make_ndx -f ../input/npt.gro -o index.ndx



# index.ndx 中的group名称长度有上限，因此在Index.ndx中将"a_2124_a_2126_a_2133_a_2134_a_2135_a_2137_a_2152 ...." 这样一大串替换为“pkt_3A_atom_index”


cat pkt_3A_atom_index|sed 's/|/_/g'|sed 's/a/a_/g'


sed -i "s/a_2124_a_2126_a_2133_a_2134_a_2135_a_2137_a_2152_a_2153_a_2154_a_2156_a_2168_a_2169_a_2170_a_2172_a_2189_a_2190_a_2840_a_2842_a_2845_a_2846_a_2847_a_2849_a_2859_a_2860_a_2861_a_2863_a_2866_a_2867_a_2868_a_2870_a_2888_a_2889_a_2890_a_2892_a_2902_a_2903_a_2904_a_2906_a_2913_a_2914_a_3993_a_3995_a_4003_a_4004_a_4720_a_4722_a_4732_a_4733_a_5190_a_5192_a_5207_a_5208_a_6107_a_6109_a_6112_a_6113_a_6114_a_6116_a_6136_a_6137_a_6173_a_6175_a_6195_a_6196_a_6197_a_6199_a_6217_a_6218/pkt_3A_atom_index/g" index.ndx

SMD-umbrella

# 85.9 /home/databank/zzy/people/zyzhu/test1-umbrella
source ~/zzy/gmx2024.4-gpu.sh
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0
export OMP_NUM_THREADS=20

# mdp文件里也同步替换pull_group1_name
# 需要设置pbc参考原子
# 根据前期的测试经验，在口袋周围找一个离配体较近的重原子即可（后续需要测试是否有影响）
pull-group1-pbcatom     = 2863


gmx_mpi grompp -f smd.mdp -p ../input/topol.top -c ../input/npt.gro -r ../input/npt.gro -n ../cv/index.ndx -o smd.tpr


nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm smd &

可视化轨迹

# 85.9 /home/databank/zzy/people/zyzhu/test1-umbrella/vis
gmx_mpi make_ndx -f ../../input/npt.gro -o index.ndx
# 选择 蛋白|配体


# 处理周期性+提取轨迹中的蛋白|配体
gmx_mpi trjconv -f ../smd.xtc -s ../smd.tpr -n index.ndx -o look.pdb -pbc mol -ur compact -skip 100


# PyMOL里打开look.pdb，观察解离情况