4.11 pl monomer

75.3 /home/data/zyzhou/project/hsbd/2025-4bioactive
cp -r sys-pre/ 2sys-pl-monomer

蛋白准备

75.3 /home/data/zyzhou/project/hsbd/2025-4bioactive/2sys-pl-monomer/pro
# 使用原本准备好 PL_Monomer.pdb 的即可

配体准备

坐标信息（d3dock)

75.3 /home/data/zyzhou/project/hsbd/2025-4bioactive/2sys-pl-monomer/ligand/d3dock
scp 172.21.85.23:/home/databank_70t/zzy/project/hsbd/D3Targets-dock/workdir/5bioactive-dock-all-3cl_pl/results/TCMID-16012/ORF1ab_819-2763_Papain-like_proteinase+Monomer/PDB/TCMID-16012-pocket4-0.sdf TCMID-16012-dock-PL.sdf


scp 172.21.85.23:/home/databank_70t/zzy/project/hsbd/D3Targets-dock/workdir/5bioactive-dock-all-3cl_pl/results/TCMID-15972/ORF1ab_819-2763_Papain-like_proteinase+Monomer/PDB/TCMID-15972-pocket1-0.sdf TCMID-15972-dock-PL.sdf

质子化预测

# 转移至23
23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2025-4bioactive/2sys-pl-monomer/ligand/d3dock/ligprep
for a in `cat index`；do ~/software/Schrodinger_Suites_2021-2/ligprep -R e -epik -ph 7.4 -pht 0.0 -isd ../${a}.sdf -osd ./${a}.sdf；done

高斯优化

23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2025-4bioactive/2sys-pl-monomer/ligand/g16
# 使用antechamber生成配体小分子参数（85.23）
for i in `cat index`;do mkdir $i;cd $i;antechamber -i ../../d3dock/ligprep/${i}.sdf -fi sdf -o $i.gjf -fo gcrt;sed -i '1,3d' $i.gjf;sed -i '1i %mem=4GB\n%nproc=4\n#B3LYP/6-31G* Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) opt' $i.gjf;cd ../;done


# 提交 高斯优化任务 23：05


for i in `cat index`;do cd $i;antechamber -i $i.log -fi gout -o $i.prep -fo prepi -c resp;parmchk2 -i $i.prep -f prepi -o $i.frcmod -a y;cd ../;done

atom_name_check

23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2025-4bioactive/2sys-pl-monomer/ligand/atom_name_check
ls ../g16/>index
for i in `cat index`;do mkdir -p $i;cp ../g16/$i/ATOMTYPE.INF $i/;cp ../g16/$i/NEWPDB.PDB $i/;cp ../d3dock/ligprep/${i}.sdf $i/;sed "s/XXXX/${i}.sdf/g" atom_name_check-raw.py >$i/atom_name_check-raw.py;cd $i;python atom_name_check-raw.py;cd ../;done
# 可视化检查没问题

tleap

# 23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2025-4bioactive/2sys-pl-monomer/tleap
# 加载环境
source ~/zzy/ff19sb.sh


for i in `cat index`;do mkdir -p $i;cp ../ligand/g16/$i/*frcmod ./$i/lig.frcmod;cp ../ligand/g16/$i/*prep ./$i/lig.prep;cp ../ligand/atom_name_check/$i/LIG.PDB ./$i/lig.pdb;cp ../pro/pdb2pqr/PL_Monomer.pdb ./$i/pro.pdb;done


for  i in `cat index`;do cp md_parm_gen_chinese.py $i;cd $i;python md_parm_gen_chinese.py 1;cd ../;done
# 可视化检查

amber_to_gmx

# 23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2025-4bioactive/2sys-pl-monomer/amber_to_gmx
# 使用紫玉的脚本
# 3CL二聚体两条件需要分别进行位置限制，PL两条链看起来完全一样（system1显示有两个)，无需操作
####################################  do.sh  #############################################
for i in `cat index`
do 
mkdir -p $i
cp ../tleap/$i/complex* $i
cd $i
cp ../amber_to_gmx-add_restraint.py ./
python amber_to_gmx-add_restraint.py 0 complex.prmtop complex.inpcrd
python amber_to_gmx-add_restraint.py 1
(echo '1|13'; echo 'q') | gmx_mpi make_ndx -f gmx.gro -o index.ndx
echo 1|gmx_mpi genrestr -f gmx.gro -n index.ndx -o posre1.itp
cd ../
done
############################################################################################


# 根据配体原子数生成 posre2.itp
head -n 59 TCMID-15972-dock-PL/posre1.itp >TCMID-15972-dock-PL/posre2.itp
head -n 39 TCMID-16012-dock-PL/posre1.itp > TCMID-16012-dock-PL/posre2.itp

预平衡

v100 /home/databank/zzy/project/hsbd/2sys-pl-monomer/pre-equ
nohup bash min-nvt-npt.sh &

MD模拟任务

# 在v100/75.3上运行
# 轨迹均已转移至75.2 /home/databank/zyzhou/project/hsbd/4bioactive-d3dock/100ns

轨迹分析

75.2 home/databank/zyzhou/project/hsbd/4bioactive-d3dock/analysis

周期性处理

# GMX -pbc nojump -ur compact + -fit rot+trans
# 修改工作路径后，可自动处理轨迹，间隔2000帧输出轨迹可视化结果，需要逐个检查

MM/GBSA

75.2 home/databank/zyzhou/project/hsbd/4bioactive-d3dock/analysis/mmgbsa/workdir
# 之前在75.2上算过了 3个放进文章里的体系结果，把不能用的（PL dimer)删了
# 把top文件从23（sys-pre)上scp过来
# 提交PL monomer的任务

RMSD

75.2 home/databank/zyzhou/project/hsbd/4bioactive-d3dock/analysis/complex/
# 之前有写过脚本，可直接使用，需要修改路径
# 作图脚本需要逐行检查
# 已出图，没问题

Frequency

75.2 /home/databank/zyzhou/project/hsbd/4bioactive-d3dock/analysis/Frequencies_of_interaction/v4
# 是把三条轨迹合并起来算的（merge:gmx_mpi trjcat)
# 4-12 修改了脚本，在出图的同时输出图中出现的氨基酸，作为rmsf图中的binding site 高亮区域数据
# PL体系高接触的氨基酸不足30个，修改为仅展示前20个氨基酸

RMSF

# 4个单体体系
75.2 /home/databank/zyzhou/project/hsbd/4bioactive-d3dock/analysis/rmsf/locate-pkt-resn-v3
# 根据 Frequency v4的binding site数据


# 1个二聚体体系
75.2 /home/databank/zyzhou/project/hsbd/4bioactive-d3dock/analysis/rmsf/dimer-average-locate

decomposition

75.2 /home/databank/zyzhou/project/hsbd/4bioactive-d3dock/analysis/mmgbsa/decomposition/v4