lijintian @lijintian

服务器205 生成口袋 python27ana /home/zqchen/D3Pockets_WEB_UCB/PyPocket_Detect.py -r test.pdb 生成口袋的atm和pit文件在同一个文件夹 生成静态性质 atm,pit以及原始的pdb需要在同一个文件夹下 python27ana /home/zqchen/D3Pockets_Descriptors/d3pocket

Pockets generation [zqchen@DDB S_protein]$ python27ana $D3Pockets_UCB_HOME/PyPocket_Detect.py -r fixed.pdb [zqchen@DDB S_protein]$ python27ana $D3Pockets_UCB_HOME/gensinglePDBpml.py fixed.pdb [zqc

参考链接：https://github.com/shiyu-wangbyte/MM-PB-GB-SA_Benchmarks/tree/main 一、小分子处理 1. gauss计算ESP（略）并拟合小分子RESP电荷 计算ESP这一步说明：个人认为若要使用小分子优化结构作为MD的初始小分子结构则在高斯计算的时候就优化，否则就高斯计算的时候就不要优化了（RESP电荷依赖于结构；且后续EP

上课的资料就是PPT，无纸质课本 往年的ppt和考试资料都在压缩包里：

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课程 英语综合 英语综合用到的课本如下： 英语综合上课会讲课本里的阅读，期中会有一次关于某个单元的单词完型测试作为平时分的一部分（每个老师不一样，我们是刘静老师上课） 期末考试的vocabulary部分是课本里的单词，我们这一届是1,2,3,4,5,7单元的单词，考前可以背一背 英语听说 每个老师不一样，戴融融老师上课会安排一个topic，然后小组讨论，再反馈给老师。 考试

课程 运筹学的纸质书我会给到下一级，师弟师妹们保管好继续传 运筹学教材电子版： 运筹学辅导书电子版： 考试 附运筹学16、18年考试真题： 21年考试回忆： 四题必选（4 18'）：线性规划（单纯形）、整数规划（分支定界或割平面法）、动态规划解等式约束问题（注意，变量并非整数）、Dijkstra算法求解最短路径 选做四选二（2 14'）：存储论（知道经济订购批量公式怎么用）、