吴乐云 @lywu

1） 准备同源建模得到的nsp14结构文件（nsp14_model_ions.pdb） 2） H++网站预测nsp14蛋白质子化情况： 提交nsp14_model_ions.pdb 查看result，并下载result.pdb文件 pymol中查看result.pdb文件中His质子化结果: select HISs, resn his Selector: selection "HISs"

2022年4月19日 NOTE 1 [file smd.mdp, line 46]: smd.mdp did not specify a value for the .mdp option "cutoff-scheme". Probably it was first intended for use with GROMACS before 4.6. In 4.6, the Ve

leukocyte arthritis atherosclerosis bowel preferential indespensable anisotropic concise unwiedy Substantially to a great or significant extent Especially in the beginning of force field development

脚本 """ Created on Fri Dec 24 14:33:08 2021 @author: lywu """ from pymol import cmd from math import sqrt #import numpy as np def mindist(): atoms = {} atoms2 = {} list1=list

2019.18.1安装包： 链接：https://pan.baidu.com/s/17jRdd56DwIVAWXjDIPp6YQ 提取码：h8d2 2020安装包 链接：https://pan.baidu.com/s/1PuCWibtmcw3-H-9kTK15eQ 提取码：1j3d

赵亦天师兄 ZYT: 2020年，Kang等在底物鸟苷二磷酸(GDP)和特异性效应因子胸腺嘧啶三磷酸(TTP)存在的情况下，使用的双取代E52Q/(2,3,5)-三氟酪氨酸122(F3Y122) β2和野生型α2，成功捕获了活性状态的RR。（我们把人和大肠杆菌的这一段结合起来做了同源建模得到了补全loop的结构，再次对rrm2上的口袋进行了研究。通过D3pockets对口袋进行了预测，发现口袋

PyMOL>alpha1_area=cmd.get_area("rbd") PyMOL>alpha2_area=cmd.get_area("ace2") PyMOL>beta1_area=cmd.get_area("ace2") PyMOL>ab1_area=cmd.get_area("6m0j") PyMOL>print alpha1_area 22077.7636719 PyMOL