RRM2-2022-03-07

赵亦天师兄

ZYT:
2020年，Kang等在底物鸟苷二磷酸(GDP)和特异性效应因子胸腺嘧啶三磷酸(TTP)存在的情况下，使用的双取代E52Q/(2,3,5)-三氟酪氨酸122(F3Y122) β2和野生型α2，成功捕获了活性状态的RR。（我们把人和大肠杆菌的这一段结合起来做了同源建模得到了补全loop的结构，再次对rrm2上的口袋进行了研究。通过D3pockets对口袋进行了预测，发现口袋1和口袋5都具有较好的打分（表x），并且我们发现口袋5…（描述一下口袋的性状特点，看起来比较符合长链的化合物？），随后我们将部分化合物对这两个口袋分别对接，发现长链化合物5680与口袋5具由很好的契合…。）这一部分能用专业的术语描述一下吗


ZYT:
就是我文章里面的计算部分


ZYT:
我打算就是后面解释一下就好 不说是通过计算指导化合物的设计了


ZYT:
然后这一段不知道咋写 就是括号里这一部分


ZYT:
能用专业的语言描述一下不


ZYT:
就是说一下口袋5是咋来的

2020年，Kang等在底物鸟苷二磷酸(GDP)和特异性效应因子胸腺嘧啶三磷酸(TTP)存在的情况下，使用的双取代E52Q/(2,3,5)-三氟酪氨酸122(F3Y122) β2和野生型α2，成功捕获了活性状态的RRM全酶结构（PDB ID: 6W4X），首次解析出RRM2上发挥重要功能的活性loop结构（残基320-381）。我们以6W4X结构为模板，通过同源建模补全了人源RRM2上的活性loop结构，并通过D3pockets预测RRM2上潜在的配体结合口袋（共预测得到5个口袋）。我们将化合物分别对接到预测得到的5个口袋中，对接结果显示，化合物在口袋1和口袋5上有一定的构效关系。值得注意的是，口袋1的空间较小，难以与结构较长的化合物分子结合；而口袋5的体积较大且倾向于结合长链化合物。从配体与口袋的相互作用上分析，我们也发现，口袋5中存在.......相互作用，与构效关系较为符合。

（我们把人和大肠杆菌的这一段结合起来做了同源建模得到了补全loop的结构，再次对rrm2上的口袋进行了研究。通过D3pockets对口袋进行了预测，发现口袋1和口袋5都具有较好的打分（表x），并且我们发现口袋5…（描述一下口袋的性状特点，看起来比较符合长链的化合物？），随后我们将部分化合物对这两个口袋分别对接，发现长链化合物5680与口袋5具由很好的契合…。）这一部分能用专业的术语描述一下吗