吴乐云 @lywu

#将center_of_mass.py放在pymol安装目录下的lib文件夹 import center_of_mass #选中要创建质心的原子 com sele,state=r1 #修改质心球大小 set sphere_scale,0.4 center_of_mass.py

环境准备 glycam源码编译需要c++17标准，服务器上现有gcc/g++版本为4.8.5，不支持c++17标准，安装更高版本的gcc/g++需要源码编译和更新的glibc库，很麻烦。因此使用conda环境，在conda环境中安装高本版的gcc/g+g++。glycam需要依赖swig，但服务上swig版本为2.0.10，glycam在该版本上有bug，因此也在conda环境中安装更新版本的sw

彭诚 王进安 范新平

斐大师的x-ray参数 导出PNG file >> export movie as >> PNG GPU4N进行convert convert -delay 30 png test.gif 对gif进行剪裁 https://www.iloveimg.com/zh-cn/crop-image/crop-gif 其他 文档：3D旋转动画.note 链接：https

质子化情况 重点关注HIS HID HIE HIP H++ PROPKA: glide pdb2pqr pymol #dddc (base) [dddc@localhost 6vfe-wt]$ pwd /home/dddc/lywu/gsdmd/6vfe-wt (base) [dddc@localhost 6vfe-wt]$ conda activate pdb2pqr (pdb2p

更改背景颜色 bg_color white util.cbc object Util.cbc stands for (the utilities library's) color by chain. This simply colors molecules by their chains, as the name suggests. 创建质心 PyMOL>com sele, state

脚本 """ Created on Fri Dec 24 14:33:08 2021 @author: lywu """ from pymol import cmd from math import sqrt #import numpy as np def mindist(): atoms = {} atoms2 = {} list1=list

需要有argparse包 #!/usr/bin/env python3 import argparse if __name__ == '__main__': parser = argparse.ArgumentParser(description='test....') parser.add_argument('-p', '--pdb', required=Tru