质子化情况

#dddc
(base) [dddc@localhost 6vfe-wt]$ pwd
/home/dddc/lywu/gsdmd/6vfe-wt
(base) [dddc@localhost 6vfe-wt]$ conda activate pdb2pqr
(pdb2pqr) [dddc@localhost 6vfe-wt]$ pdb2pqr30 6vfe_wt.pdb 6vfe_wt_H.pqr --ff CHARMM --ffout CHARMM --with-ph 7.0 --pdb-output 6vfe_wt_H.pdb

pdb2pqr30 min1.pdb min1.pqr --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.4 --pdb-output out.pdb

conda install pdb2qpr
pdb2pqr30 -h

# 用于能量最小化的参数文件em.mdp
locate em.mdp


# 用于升温的参数文件npt.mdp
locate npt.mdp


# 用于跑md的npt.mdp
locate md.mdp

scp chpeng@172.21.85.9:/home/chpeng/lywu/zjf/test.pdb ./

问题：GROMACS没有自带的AMBER14力场，因

# 关注不同软件版本
which gmx_mpi


# 生成topol.top
gmx_mpi pdb2gmx -f min1.pdb -o conf.pdb


# 加盒子
gmx_mpi editconf -f conf.pdb -o box.gro -c -d 1.0 –princ


# 加水
gmx_mpi solvate -cp box.gro -cs -o box_water.pdb -p topol.top


# 加离子
gmx_mpi grompp -f em.mdp -p topol.top -c box_water.pdb -o ions.tpr –maxwarn 1


gmx_mpi genion -s ions.tpr -p topol.top -o box_ions.pdb -neutral -conc 0.1


# 批量删除带#的文件
rm -rf \#*


# 能量最小化
gmx_mpi grompp -f em.mdp -p topol.top -c box_ions.pdb -o em.tpr -maxwarn 1


lscpu


nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm em &


# 查看输出文件
vi nohup.out


# 升温
gmx_mpi grompp -f npt.mdp -c em.gro -p topol.top -o npt.tpr -maxwarn 1
nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm npt &


# 动态查看输出
tail -f nohup.out


# 提交MD
注意检查温度，nsteps,cutoff
gmx_mpi grompp -f md.mdp -c npt.gro -p topol.top -o md.tpr -maxwarn 1
nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &