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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • HSP90
    2025-06-09 高斯优化 23 /home/databank_70t/zzy/g16/koff-pdbbind/hsp90/after_md ################### do.sh ################################################################## for i in {1..9}; do a=$((i
    MD 2025-06-09 17:22:45    zhouzhaoyin
  • amber24
    CPU 75.2 export PATH=/home/databank/zyzhou/software/amber24/amber_bin/bin:$PATH source /home/databank/zyzhou/software/amber24/amber_bin/amber.sh 75.2 /home/databank/zyzhou/software/amber24 sc
    MD 2025-06-09 15:10:10    zhouzhaoyin
  • after_md
    2025-06-09
    MD 2025-06-09 10:54:08    zhouzhaoyin
  • MD auto 流程测试
    5.29 进度 高斯优化：250 / 569 蛋白结构清洗：10 / 250 预平衡：3 / 10 检查高斯优化情况 tail -n1 /lig / log # 检查是否 Normal termination of Gaussian 16 at xxxxx(Time) 体系 1-100 # 75.3 /home/data/zyzhou/project/koff/pdbbind_
    MD 2025-06-09 10:53:53    zhouzhaoyin
  • Mol2转sdf g16
    5.27 由于 lig_parameter_cal.py 不能自动将任务排队，所以得我分批提交 配体高斯优化 由于脚本里只能识别sdf文件的电荷，原始数据集又没有sdf文件，所以得手动转换 75.3 /home/data/zyzhou/project/koff/pdbbind_dataset/mol2_obabel_sdf for i in `cat index`;do nohup oba
    MD 2025-06-09 10:53:46    zhouzhaoyin
  • HIS 质子化预测
    Q：HIS 在 生理条件下的质子化状态应该是HID吗？在对PDB库中蛋白结构进行质子化预测时，如何确定氨基酸的质子化状态？目前市面上的质子化预测软件如pdb2pqr用的是什么算法？ 玻尔AI的回答： 在生理条件下（通常指 pH 约为 7.4），组氨酸 (Histidine, His) 的咪唑侧链具有接近中性的 pKa 值，这使得它在生理 pH 范围内可以处于质子化（带正电，HIP 状态）、去质子化
    share 2025-06-07 11:33:51    zhouzhaoyin
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    share 2025-06-07 11:31:40    zhouzhaoyin
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    文章最新版 初稿 Fig_table 最新版 所需材料（随时更新） 葛根芩连汤、麻杏石甘汤量效的循证医学评价_赵思佳.pdf 网药分析 PPI 85.3 /home/yqyang/zzy/project/hsbd/np/ppi/analysis awk '$2>0.02{print}' dc_bc_cc |awk
    HSBD 2025-06-07 10:21:32    zhouzhaoyin