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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • hiv-1
    高斯优化 24 /home/databank/zzy/g16/koff-pdbbind/hiv-1 ################### do.sh ################################################################## for i in {1..4}; do a=$((i 10)) b=$((a - 9))
    MD 2025-06-05 16:33:06    zhouzhaoyin
  • 数据集原始 mol2
    MD 2025-06-05 15:21:38    zhouzhaoyin
  • koff dataset SMD
    680个复合物体系 探索过程 PDBbind koff 数据集下载下来有两个文件夹 after_md initial_structure initial_structure 是从晶体结构收集的，如果配体没有复合物结构，用对接获得坐标 after_md 是跑了 2ns 限制性MD后的结果 initial_structure 里的配体结构都有挺多问题的 如 5j86_ligand_30_5
    MD 2025-06-05 15:17:05    zhouzhaoyin
  • 5.26 浏览 D3PM 体系
    MD 2025-06-05 14:33:48    zhouzhaoyin
  • Schrodinger
    https://downloadly.net/2020/20/7589/03/schrodinger-suites/00/?#/7589-schrodin-062201061413.html薛定谔安装包下载网站 172.21.75.1 (4090) /home/dddc/zzy/software 原文件位置：172.21.85.23 /home/dddc/software/Schrodinge
    share 2025-06-05 11:53:56    zhouzhaoyin
  • modification
    atom_name_check.py 75.3 /home/data/zyzhou/project/D3PM/test-MD-auto/raw_test_modify/pre_equ_modify/pro_clean # 在测试中发现当氢原子穿插出现在 SDF 文件中 时不能正确匹配和更新非氢原子的坐标 # 已做了修改，可以正确处理该情况下的配体 lig_parameter_cal.py
    MD 2025-06-04 19:00:22    zhouzhaoyin
  • 课题组服务器信息
    登新服务器前需要的知识： 熟练使用shell常用命令（ls , cd , pwd , mv , top , ps 等） 对服务器的cpu数目，线程数，任务管理有基本认识 环境变量的基本认识 conda的基本操作 以下内容由乐云师姐首次整理，后续课题组成员陆续补充维护 欢迎大家对本页进行持续更新维护 账号密码 75.3(2025.03.14,4090 8) 172.21.75.3 d
    share 2025-06-03 16:06:45    zhouzhaoyin
  • pH condition for MD traj Dataset
    PDBBind 使用的是中性条件 “For convenience, the “standard” protonation states at neutral pH were applied to the amino acid residues on the protein side. Thus, Asp, Glu, and His residues were negatively charge
    MD 2025-05-28 15:05:21    zhouzhaoyin