接触面积sasa的计算

RBD-ACE2的接触面积（CSA）= (RBD的溶剂可及化面积 + ACE2的溶剂可及化面积– 复合物的溶剂可及化面积)/2

CSA计算过程中出现的问题比较多，分别测试了不同软件和程序对SASA计算的准确程度，大致结论如下：

1）GROMACS的sasa模块：非常不准确，两个完全分开的蛋白质计算所得的CSA仍有20 nm2

2）PyMOL的cmd.get_area模块：不准确，两个完全分开的蛋白质计算所得的CSA为负值，且结合状态的CSA计算数值过小；

3）VoroContacts：计算准确，但速度慢，且只能计算单个pdb文件；

4）Amber的molsurf模块：计算准确，但是对于不连续的蛋白质表面需要调整不同的probe参数；

5）Amber的surf模块：计算没有molsurf准确，但可正常计算所有构象。

6）VMD中的measure sasa模块：计算速度快，结果比较准确，但是不熟悉tcl脚本。

molsurf

cpptraj
>>>
parm complex.prmtop
trajin complex.pdb
molsurf :1-649 out ace2.out
molsurf :650-852 out rbd.out
molsurf :1-852 out complex.out
run
quit
<<<