常用数据库或网站

--石禹龙

账号密码大概是课题组长的身份证号

蛋白质晶体结构数据库，除此之外还有pdbe和pdbj。

 

从PDB收集抗体晶体结构的数据库

 

UniProt是 Universal Protein 的英文缩写，是信息最丰富、资源最广的蛋白质数据库。它由整合Swiss-Prot、 TrEMBL 和 PIR-PSD 三大数据库的数据而成。他的数据主要来自于基因组测序项目完成后，后续获得的蛋白质序列。它包含了大量来自文献的蛋白质的生物功能的信息。

 

PDBbind 数据库的目的是为保存在蛋白质数据库 (PDB) 中的所有生物分子复合物提供实验测量的结合亲和力数据的综合集合。 它提供了这些复合物的能量和结构信息之间的基本联系，这有助于分子识别、药物发现等方面的各种计算和统计研究。

--石禹龙

--s18-shiyulong@simm.ac.cn

--17816879631

 

 TTD(Therapeutic Target Database) 提供了药物的主要靶标（primary target）的相关信息。

 

BindingDB

BindingDB 是一个公开的、可通过网络访问的测量结合亲和力的数据库，主要关注药物靶标与小分子的相互作用。 截至 2022 年 6 月 26 日，BindingDB 包含 41,296 个条目，每个条目都有一个 DOI，包含 8,811 个蛋白质靶点和 1,085,985 个小分子的 2,533,459 个结合数据。BindingDB是从多个数据库里选择符合规范的活性数据进行导入。

 

CCDC提供的剑桥晶体结构数据系统（是该中心同美国Brookhaven国家实验室合作的成果，基本上包括已发表的所有原子个数（包括氢原子）在500以内的有机及金属有机化合物晶体数据，并对收集的数据进行严格评审。CCDC目前提供的CSDS 包括剑桥结构数据库（Cambridge StructuralDatabase, CSD）是基于X射线和中子衍射试验唯一的有机小分子及有机金属分子晶体结构数据库。它只收集并提供具有C-H键的所有晶体结构，包括有机化合物、金属有机化合物、配位化合物的晶体结构数据。

 

 ZINC 数据库是目前最大的有机小分子化合物库之一,不少类药分子的前期虚拟筛选都是基于该数据库。

 

快速查找官方来源的化学信息（配体谱图、IC50、各种生物实验、蛋白）；查找相似结构

 

中药小分子数据库，涵盖了中药产地、含量、靶标等信息。

 

中药与化学成分数据库HIT2.0

通过文献挖掘技术构建的中药-靶标数据库。