smina批量对接
批量突变蛋白：
- #从知乎上搜到了杨师兄的方法，原文链接：注意链的变化
- Pymol|Pymol构建蛋白质点突变并优化 (qq.com)
批量预处理突变后的蛋白质分子：使用for循环
- conda activate pdb2pqr
- for a in
`cat index.log`;do pdb2pqr_cli --ff=amber --ffout=amber --chain --with-ph=7。4 ${a}.pdb $a.pqr;done - conda activate mgltools
- for a in
`cat index.log`;do prepare_receptor4.py -r $a.pqr -o $a.pdbqt -C -U nphs_lps_waters_nonstdres;done - #石师兄写过一个脚本，可以直接调用：log文件里是蛋白质名称，注意要用Linux里的vim编辑器处理，容易出现换行符空格之类的，导致文件查找不到。最好用ls *.pdb >index.log得到log文件。
- sh merge_H.sh index.log merge_H.sh
配体分子准备：sdf格式
- conda activate mgltools
- prepare_ligand4.py -l ${ligand}.mol2 -o ${ligand}.pdbqt
对接盒子准备：
- conf.txt文件内容：
- center_x = 49.714
- center_y = 68.797
- center_z = 42.78
- size_x = 19.5
- size_y = 19.5
- size_z = 15
- num_modes = 9
- exhaustiveness = 8
批量对接：
- #将打印出来的对接信息输出到日志中：
- script out.log
- #输出完成后退出：exit
- #批量对接：
- for a in
`cat index.log`;do smina --seed 0 --config conf.txt -r $a.pdbqt -l ${ligand}.pdbqt -o $a-${ligand}-result.sdf;done