2023.2.8  实验流程设计

确定实验流程 22220

1.准备蛋白质文件（6lk0)

• pH = 7.4, 150 mmol/L NaCl 

#激活pdb2pqr:
conda activate pdb2pqr预测
#质子化
pdb2pqr30 6lk0.pdb 6lk0.pqr --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.4 --pdb-output 6lk0_out.pdb

2.选用软件及准备参数

2.1 Amber

2.1.0 参数文件准备

density.in  heat.in   md.in    min.in

2.1.1 加载力场

#Tleap处理蛋白质：准备好空白蛋白质.pdb
#进入tleap：
tleap
#加载力场：
source oldff/leaprc.ff14SB
source leaprc.gaff
#locate一下目录
loadAmberParams frcmod.ionsjc_tip3p
#加载定义蛋白质
pro=loadpdb 6lk0_out.pdb     
#load蛋白和配体的结构之后，有二硫键的需要添加二硫键，无则不需要
bond pro.22.SG pro.96.SG
（这条命令是指pro中第残基22的SG原子与pro中残基96的SG原子形成共价键，注意每一个二硫键都要单独用一条命令进行bon

2.1.2.构建体系（溶剂化，平衡电中性）

solvatebox pro TIP3PBOX 10
#检查电荷
charge pro
计算所需要的Cl电荷：
1.5 Calculating Salt Molarity in an Explicit Water System (ambermd.org)
#加正负电荷
addionsrand pro Na+ 70 Cl- 64 
#再次检查电荷为0：
charge pro
#保存蛋白质受体的拓扑文件和坐标文件
saveamberparm pro anti.prmtop anti.inpcrd 
#保存蛋白质加完盒子的pdb文件
savepdb pro pro-${protein}.pdb
ctrl+C退出tleap

2.1.3.能量最小化

pmemd.cuda -O -i min.in -p anti.prmtop -c anti.inpcrd -o min.out -r min.rst -ref anti.inpcrd


格式后查看：
cpptraj -p anti.prmtop -y min.rst -x min.rst7
ambpdb -p anti.prmtop < min.rst7 > min.pd

2.1.4.升温

2.1.5.平衡

pmemd.cuda -O -i density.in -p anti.prmtop -c heat.rst -o density.out -r density.rst -ref heat.rst

2.1.6.提交MD

2.2 gromacs

2.2.0 参数文件准备

2.2.1 生成拓扑文件，加载力场

2.2.2 构建体系（生成盒子，溶剂化，平衡电中性）

#define box
gmx_mpi editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic
#define solvate
gmx_mpi solvate -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -p topol.top
#add ions
gmx_mpi grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr
gmx_mpi genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral

2.2.3 能量最小化 （gpu、cpu）

2.2.4 平衡 

2.2.5 与Amber 不同，没有升温这一步

2.2.6 提交MD