药物设计学网站
| 类别 | 软件、工具、系统 | 亮点产出 |
| 计算生物学 | AMBER, GROMACS, NAMD, OpenMM | 蛋白质动态模拟 |
| 蛋白质结构预测 | Alphafold2，MODELLER，SWISS-MODEL，ROBETTA | 蛋白质的三维结构预测/模建 |
| 药物结合口袋预测 | D3Pockets, CAVITY, CavityPlus, Fpocket | 蛋白质的药物结合位点预测 |
| 靶标预测 | D3Targets-2019-nCoV, NetInfer, SEA, SwissTargetPrediction, PharmMapper, ChemMapper | 预测活性化合物的作用靶标 |
| 药物分子设计 | Schrödinger, Discovery Studio, MOE | 国内外广泛使用的综合药物设计软件 |
| ADMET预测 | ADMETlab, admetSAR, SwissADME | 化合物ADME/T性质预测 |
| 药物分子处理与分析 | RDKit, OpenBabel, ChemOffice | 分子结构分析 |
| 分子对接 | Autodock Vina, Glide, Smina, Autodock, Gold, CovalentDock, LeDock, DOCK, Alphafold-Multimer, ZDOCK | 虚拟筛选、化合物与靶标的对接，或者蛋白质与蛋白质的对接 |
| 药效团 | ligandScout, PHASE | 药效团生成与虚拟筛选 |
| 生物分子可视化 | PyMOL, VMD, CHIMERA | 蛋白质三维结构和口袋分析 |
| 蛋白蛋白亲和力预测 | DeepPurpose, TopNetTree, DeepPPISP | 蛋白质与蛋白质亲和力预测 |
| 蛋白质设计 | ProGen, Rosetta | 蛋白质结构生成、抗体设计等 |