分子对接（Smina/Vina/Glide）

--石禹龙

Smina (Linux）

Smina: 基于Autodock Vina的对接程序，用法和Vina十分相似

一. 配体准备

采用mgltools生成配体的pdbqt格式文件：

conda activate mgltools
prepare_ligand4.py -l ligand.mol2 -o ligand.pdbqt

二. 受体准备

用pdb2pqr给蛋白质质子化，生成pqr文件，再用mgltools生成受体的pdbqt文件：

conda activate pdb2pqr
pdb2pqr_cli --ff=amber --ffout=amber --chain --with-ph=7 receptor.pdb receptor.pqr
conda activate mgltools
prepare_receptor4.py -r receptor.pqr -o receptor.pdbqt -C -U nphs_lps_waters_nonstdres

三. Smina对接

对接方式一：自定义盒子位置

smina --seed 0 --config conf.txt -r receptor.pdbqt -l ligand.pdbqt -o result.sdf

注：固定随机种子方便后续重现结果。conf.txt为包含对接盒子中心/大小、输出构象数等参数的文件，在这里举例如何只输出一个打分最好的构象，格式jis如下：center指对接盒子的中心，size指盒子的长宽高，num_modes指输出构象数，对接打分见对接构象文件。

center_x = 23
center_y = 10
center_z = 1
size_x = 24
size_y = 18
size_z = 22
num_modes = 1

对接方式二：以参考配体作为对接盒子中心，autobox_add指往各维度扩展多少距离（默认为4埃），ligand-old.pdb指晶体结合口袋中已有的配体文件，用于定位坐标。

smina --seed 0 --autobox_ligand ligand-old.pdb --autobox_add 8 -r receptor.pdbqt -l ligand.pdbqt -o result.sdf --num_modes 1

Vina (Linux)

用法和smina差不多，不重复介绍了，多看看vina --help.

Maestro-glide

各个版本的glide用法接近，通过搜索关键词即可找到对应模块，这里以2015版为例。

一．配体准备

先在Maestro-Project下面更改工作目录，然后Tasks--Ligand Preparation下导入要对接的小分子整合文件，力场推荐OPLS_2005，pH根据需要调整，在job name右边设置核数和要分成多少个子任务，run。最终得到*.maegz配体文件。

二．蛋白质准备

在Task—Protein Preparation Wizard下准备蛋白质文件，可以在PDB框中用PDB ID导入蛋白质，也可以用Browse导入本地的蛋白质文件，在预处理中可以选择是否补全缺少的侧链和loop（推荐用swiss model补链，然后用amber或gromacs进行动力学优化），Preprocess。完成预处理后，点击Refine进行精炼，点击Optimize，OPLS_2005力场下进行最小化优化。得到*ref.mae蛋白文件。