Smina对接记录

服务器22202-zjxu

1、受体准备

#激活pdb2pqr环境蛋白质加氢加电荷生成pqr文件

conda activate pdb2pqr

pdb2pqr_cli --ff=amber --ffout=amber --with-ph=7.4 pro.pdb pro.pqr

#激活mgltools环境合并非极性氢生成受体的pdbqt文件

conda activate mgltools

prepare_receptor4.py -r pro.pqr -o pro.pdbqt

2、小分子准备

#采用mgltools给小分子加氢加电荷合并非极性氢的电荷到键连的非极性碳原子上，删除非极性氢，保留极性氢，生成配体的pdbqt格式文件（输入文件为mol2，若是sdf文件需要用obabel转成mol2文件）

obabel -isdf lig.sdf -omol2 -O lig.mol2

conda activate mgltools

prepare_ligand4.py -l lig.mol2 -o lig.pdbqt

3、Smina对接

对接盒子的选择：

（1）对接方式一：以晶体中的配体作为对接盒子中心

如果晶体结构中存在配体，则以配体的位置作为对接盒子中心，在Pymol命令行中输入：centerofmass sele就能知道盒子质心（center_x、center_y、center_z)

/home/zjxu/prog/smina-code/build/linux/release/smina --seed 0 --autobox_ligand lig-rec.pdb --autobox_add 8 -r pro.pdbqt -l lig.pdbqt -o pro-lig-result.sdf --exhaustiveness 32 --num_modes 10

注意：

lig-rec.pdb指原晶体结合口袋中已有的配体文件结构，用于定位坐标

autobox_add指往各维度拓展多少距离（单位为A，默认是4）

（2）对接方式二：自定义盒子位置

/home/zjxu/prog/smina-code/build/linux/release/smina --seed 0 --config conf.txt -r pro.pdbqt -l lig.pdbqt -o pro-lig-result.sdf

#用for循环设置多个seed

for seed in $(seq 0 5); do smina --seed $seed --config conf.txt -r pro.pdbqt -l lig.pdbqt -o result-$seed.sdf; done

注意：conf.txt包含对接盒子、对接精度exhaustiveness、输出构象数num_modes、随机种子seed等参数文件，建立如下格式的txt文件：center指对接盒子中心，size指对接盒子的长宽高，num_modes=10表示输出10个对接构象

---------------------------------------------------------

center_x =

center_y =

center_z =

size_x =

size_y =

size_z =

num_modes = 10

exhaustiveness = 32

-----------------------------------------------------------

其中的center_x，center_y, center_z可以在pymol中获得：

选中配体小分子在PyMOL命令行输入：centerofmass sele

就可以知道盒子质心（center_x，center_y, center_z）

#smina对接参数

# arg表示该参数后面需要加参数
 -r [--receptor] arg刚性受体（PDBQT）
 --flex arg      柔性侧链（PDBQT）
 -l [--ligand] arg  配体（s）
 --flexres arg  特别的柔性侧链，通过逗号分隔 chain:resid
 --flexdist_ligand arg 用于flexdist的配体
 --flexdist arg  该参数表示flexdist配体多少距离以内设为柔性配体


 搜寻空间 (required):
  --center_x arg        X中心坐标
  --center_y arg        Y中心坐标
  --center_z arg        Z中心坐标
  --size_x arg          X尺寸大小 (Angstroms)
  --size_y arg          Y尺寸大小 (Angstroms)
  --size_z arg          Z尺寸大小 (Angstroms)
  --autobox_ligand arg  自动创建盒子的配体
  --autobox_add arg     若为自动创建盒子，那么缓冲空间的数量，默认为+4
  --no_lig              无配体;对于取样/最小化柔性残基


评分和最小化设置:
  --custom_scoring arg         自定义得分文件
  --score_only                 配体姿势得分
  --local_only                 使用盒子进行局部搜索 (可能需要附带使用 --minimize)
  --minimize                   能量最小化
  --randomize_only             生成随机姿势，避免空间位阻
  --minimize_iters arg (=0)    最陡下降法迭代数量，默认值是无法收敛的，我用的ahr为5000，可以用gmx等软件查看收敛系数
  --accurate_line              使用精确的线性搜索
  --minimize_early_term        S最小化搜索的终止能量 
  --approximation arg          使用的近似 (linear, spline, or exact)
  --factor arg                 近似因子: finer-grained效果较好
  --force_cap arg              最大允许力，低值对于最小化clashing结构更好
  --user_grid arg              用户计算若需要用到的格点文件Autodock map 文件
  --user_grid_lambda arg (=-1) 缩放user_grid和功能得分
  --print_terms                打印所有项目和默认值
  --print_atom_types           打印所有可用原子类型


输出设置 (optional):
  -o [ --out ] arg      输出文件，格式根据后缀来
  --out_flex arg        对于柔性残基的输出文件
  --log arg             可设置的log文件
  --atom_terms arg      可设置的输出每个残基的联系值
  --atom_term_data      封装每个残基的联系值进入sd数据
Misc (optional):
  --cpu arg                  使用的cpu数量，默认全使用
  --seed arg                 随机种子
  --exhaustiveness arg (=8)  用尽一切的全局搜索
  --num_modes arg (=9)      最大结合模式生成数量
  --energy_range arg (=3)   最好和最低结合之间的数值设置(kcal/mol)
  --min_rmsd_filter arg (=1) rmsd阈值
  -q [ --quiet ]             禁止输出消息
  --addH arg                 自动加氢（默认是执行的）
  --flex_hydrogens           开启氢键转角


设置文件 (optional):
  --config arg          以上的设置可以放入这个文件


信息 (optional):
  --help                展示帮助
  --help_hidden         展示包含隐藏设置的帮助
  --version             版本