MD frist(来源于zzy)

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gmx_mpi pdb2gmx -ignh -ff amber99sb-ildn -f fws.pdb -o fws.gro -p fws.top -water tip3p
#gmx_mpi: GROMACS 的 MPI 版本，用于并行计算。
#pdb2gmx: 用于将 PDB 文件转换为 GROMACS 输入文件的工具。
#-ignh: 忽略氢原子。这表示 pdb2gmx 将忽略 PDB 文件中的氢原子，并根据输入文件中的原子类型和连接模式生成新的氢原子。
#-ff amber99sb-ildn: 指定使用 Amber99sb-ildn 势函数。这将影响到生成的拓扑文件中的力场参数。
#-f fws.pdb: 指定输入的 PDB 文件为 fws.pdb。
#-o fws.gro: 指定输出的 GROMACS .gro 文件为 fws.gro。该文件包含结构的坐标信息，可用于模拟运行。
#-p fws.top: 指定输出的 GROMACS .top 文件为 fws.top。该文件包含了系统的拓扑信息，包括原子类型、连接信息和力场参数等。
#-water tip3p: 指定使用 TIP3P 水模型。这将影响到生成的拓扑文件中的水分子参数。
# 我们得到了三个输出文件: 结构文件fws.gro, 拓扑文件fws.top, 位置限制文件posre.itp.
#-ff 是用于指定所使用的力场的选项之一。在 GROMACS 中，力场（Force Field）定义了分子中原子之间的相互作用势能函数和参数。

## 添加模拟盒子
gmx_mpi editconf -f fws.gro -o fws-PBC.gro -bt dodecahedron -d 1.2


# 真空中能量最小化
gmx_mpi grompp -f em-vac-pme.mdp -c fws-PBC.gro -p fws.top -o em-vac.tpr -maxwarn 1
gmx_mpi mdrun -v -deffnm em-vac


# 向盒子中填充溶剂
gmx_mpi solvate -cp em-vac.gro -cs spc216.gro -p fws.top -o fws-b4ion.gro


# 能量最小化
gmx_mpi grompp -f em-sol-pme.mdp -c fws-b4ion.gro -p fws.top -o ion.tpr -maxwarn 1


# 添加离子，平衡至中性
gmx_mpi genion -s ion.tpr -o fws-b4em.gro -neutral -conc 0.15 -p fws.top
# 选择溶剂组
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# 能量最小化
gmx_mpi grompp -f em-sol-pme.mdp -c fws-b4em.gro -p fws.top -o em-sol.tpr
gmx_mpi mdrun -v -deffnm em-sol