环境解释器

Linux 脚本是怎么找到解释器的？

当执行一个脚本（比如 pdb2pqr30）时，系统会先看这个脚本文件的 第一行，也就是所谓的 shebang 行（以 #! 开头）。
比如：
  • #!/usr/bin/python3
这就告诉系统： 这个脚本要用 /usr/bin/python3 来解释执行。
如果第一行写的是：
  • #!/home/lywu/anaconda3/envs/pdb2pqr/bin/python3.11
那么系统会去这个确切的路径下找 python3.11 程序来运行脚本。

2. 关于报错

  • (pdb2pqr) [lywu@localhost apo]$ pdb2pqr30 3krb-E21A.pdb 3krb-E21A.pqr --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.4 --pdb-output pred.pdb
    • 

  • -bash: /home/lywu/miniforge3/envs/pdb2pqr/bin/pdb2pqr30: /home/lywu/anaconda3/envs/pdb2pqr/bin/python3.11: bad interpreter: No such file or directory
pdb2pqr30 文件里的第一行是：
  • vim /home/lywu/miniforge3/envs/pdb2pqr/bin/pdb2pqr30
    • 

  • #!/home/lywu/anaconda3/envs/pdb2pqr/bin/python3.11
但是你目前conda 环境现在装在 /home/lywu/miniforge3/envs/pdb2pqr 下面，而不是 /home/lywu/anaconda3/...。所以系统就找不到这个路径，提示：
  • bad interpreter: No such file or directory
也就是说，脚本想用一个已经不存在的 python 来运行。

方法 A：改 shebang

把第一行改成：
  • #!/usr/bin/env python
这里的 env 会去 当前环境 的 $PATH 里查找合适的 python，所以无论你在 anaconda 还是 miniforge 环境下，都能找到正确的 python 解释器。

方法 B：不用 shebang，直接用 python 执行

你也可以完全绕开 shebang，直接用你当前环境的 python 来执行：
  • python -m pdb2pqr 3krb-E21A.pdb 3krb-E21A.pqr --ff=AMBER --ffout=AMBER --with-ph=7.4 --pdb-output=pred.pdb
这里 -m pdb2pqr 就是告诉 python 去运行 pdb2pqr 这个模块，不依赖脚本里的 shebang。

什么叫解释器？什么叫shebang？

1. 什么是 解释器？

计算机只认识 机器码 (0 和 1)，人写的程序（Python、Perl、Bash 等）不是机器码，必须要有一个“翻译官”把它们 解释并执行。
这个“翻译官”就是 解释器 (interpreter)。
  • 对 Python 程序 来说，解释器就是 python 或 python3。
  • 对 Bash 脚本 来说，解释器就是 bash。
  • 对 Perl 脚本 来说，解释器就是 perl。
👉 解释器 = 执行你写的代码的软件。

2. 什么是 shebang？

当你写一个脚本（比如 pdb2pqr30）时，系统需要知道 用哪个解释器 来运行它。
这时候就要靠脚本文件的 第一行，叫 shebang（来源于 #!）。比如：
  • #!/usr/bin/python3
意思是：这个脚本要用 /usr/bin/python3 来解释执行。
再比如：
  • #!/bin/bash
意思是：这个脚本要用 /bin/bash 来运行。
如果你写的是：
  • #!/usr/bin/env python3
意思是：让系统去环境变量 $PATH 里自动查找合适的 python3，更灵活。
  • 解释器：运行脚本的“翻译官”（Python 用 python，Shell 用 bash）。
  • shebang：脚本第一行，用来告诉系统“要用哪个解释器来执行这个脚本”。