Question&Summary deD3pockets

2025-10-22:

总结：陈照强师兄的博士论文中的pdbid（75+）,是有明确的成药的配体和对应的口袋，然后我们需要对比这些口袋和预测的口袋其他口袋有什么区别特征。所以要优先计算这些蛋白（从pdbdynamic和MISATO中找，那还是要有个数据库）。

补充静态口袋功能：D3pockets_descriptors，PyPocket_detect，见D3pockets/document中的静态口袋数据：见主要文件

2025-10-27：

总结：照强师兄的75个蛋白可以用MD自动化脚本跑出来然后入库，跑1ms的结果。这样的话其实可以把那4K个成药蛋白也给跑出来，有生之年能跑多少是多少，然后录入我的数据库。但是这里又对我的数据库有所要求了。需要重新设计动力学表。

2025-11.3：

MI/KLdiv部分的目的是整合到d3pockets 2.0中，形成输入动态特征（拓扑+轨迹），产出稳定口袋周围的关键氨基酸，以及别构调节的路径。然后用18K的数据集，找到关键氨基酸。最终再构建一个模型实现（static pdc) ------> (key amino),作为D3pockets 2.0 的一个重要模块。

2025-11-7：肝癌、肝炎