二面角

• 二面角（dihedral） = 4 个原子连成的 2 个平面之间的夹角（-180° ~ 180°）。
• 蛋白主链二面角：φ, ψ, ω → 用 N / CA / C 这些原子算。
• 侧链二面角（χ1, χ2…）：用主链 CA + 侧链前几颗重原子（CB、CG、CD、…），比如你刚才的 Cys χ1 = N–CA–CB–SG。

关键残基rms