模拟计算

单帧pdb Pockets generation [zqchen@DDB S_protein]$ python27ana $D3Pockets_UCB_HOME/PyPocket_Detect.py -r fixed.pdb [zqchen@DDB S_protein]$ python27ana $D3Pockets_UCB_HOME/gensinglePDBpml.py fixed.pd

min.in md.in 包含金属配位键的位置限制情况 density.in heat.in

GROMACS教程：漏斗网蜘蛛毒素肽的溶剂化研究：Amber99SB-ILDN力场|Jerkwin 1） 准备同源建模得到的nsp14结构文件（nsp14_model_ions.pdb） 2） H++网站预测nsp14蛋白质子化情况： 提交nsp14_model_ions.pdb 查看result，并下载result.pdb文件 pymol中查看result.pdb文件中His质子化结果: s

RBD-ACE2的接触面积（CSA）= (RBD的溶剂可及化面积 + ACE2的溶剂可及化面积– 复合物的溶剂可及化面积)/2 CSA计算过程中出现的问题比较多，分别测试了不同软件和程序对SASA计算的准确程度，大致结论如下： 1）GROMACS的sasa模块：非常不准确，两个完全分开的蛋白质计算所得的CSA仍有20 nm2 2）PyMOL的cmd.get_area模块：不准确，两个完全分开的蛋白

CovalentDock介绍 --Edited by 石禹龙 2021-12-21 CovalentDock是2013年发表在JCC上的基于AutoDock开发的免费开源共价对接软件。 CovalentDock文献链接 特点： 自动化程度高，可自动识别蛋白和配体的共价结合位点，适合虚拟筛选； 考虑了共价结合的能量贡献（Gaussian），打分数值较高（Maestro CovDock共价

下载安装 其中的邀请码以及激活码需要发邮件问信息中心陆彩女老师 详细教程见软件 help 对于电荷的处理 所以不管我们在准备配体的时候给不给电荷，它都用不上（smina也是一样的）

Glide How do I dock ligands that contain metals with Glide? | Schrödinger (schrodinger.com) 只有金属为0价，并且配位原子个数不能超过金属本身电荷数时才能正常ligpre，并且有些体系即使通过了ligpre，也不能生成对接构象（原因位置） Gold 对于电荷的处理很粗糙，难以解决金属离子给定电荷的情况

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