CovalentDock 共价对接软件

CovalentDock介绍

--Edited by 石禹龙 2021-12-21

CovalentDock是2013年发表在JCC上的基于AutoDock开发的免费开源共价对接软件。
CovalentDock文献链接
特点：
  • 自动化程度高，可自动识别蛋白和配体的共价结合位点，适合虚拟筛选；
  • 考虑了共价结合的能量贡献（Gaussian），打分数值较高（Maestro CovDock共价打分较低）
缺点：
  • 目前能自动识别的共价反应类型较少，只支持SER、CYS；
  • 软件许久没有更新，印象中需要用到老版本的amber12，如果要用较新的amber，需要根据amber版本修改源代码，比如tleap的处理；
  • 后处理比较麻烦。
  • 只能识别特定的反应基团（见原始文献）
使用感受：
  • 虽然能自动，但是有时生成的构象没有形成共价键，这类构象往往打分会差很多，容易辨识；
  • 生成的中间文件比较大，要及时清理。
此处根据使用情况，以amber 16为例，介绍CovalentDock的使用步骤，修改后的CovalentDock源代码见附件，22202服务器（172.21.85.12）上已配置好环境，可正常使用。
使用步骤 命名蛋白为test_receptor.pdb，小分子为test_ligand.mol2，对接坐标中心为center。
  • $CD_HOME/preprocessing test
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  • cd bond$CD_HOME/covalentGrid -p test_bond.gpf -l test_bond.glg
一般来说，共价结合会生成两种手性构象，需要都保留。
  • $CD_HOME/covalentDock -p test_ligand_bond_1_C17_1_mini.dpf -l test_ligand_bond_1_C17_1_mini.dlg
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  • $CD_HOME/covalentDock -p test_ligand_bond_1_C17_2_mini.dpf -l test_ligand_bond_1_C17_2_mini.dlg
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  • grep '^DOCKED' test_ligand_bond_1_C17_1_mini.dlg|sed 's/DOCKED: //g' > 
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  • test_ligand_bond_1_C17_1_mini.pdbqtgrep '^DOCKED' test_ligand_bond_1_C17_2_mini.dlg|sed 's/DOCKED: //g' > test_ligand_bond_1_C17_2_mini.pdbqt
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  • # Covalent Score
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  • grep 'Estimated Free Energy of Binding' test_ligand_bond_1_C17_1_mini.pdbqt test_ligand_bond_1_C17_2_mini.pdbqt|sort -t '=' -nk 2
另外，对接过程中产生的虚原子需要替换为原来的原子类型。
  • # 例如CYS
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  • sed -i 's/V1/C/g' test_ligand_bond_1_C17_1_mini.pdbqt