模拟计算

GROMACS-manual (2019) GROMACS-manual (2021) GROMACS-拓扑文件-中文教程 Amber21-manual MD Tutorial 链接 MD Tutorials

下载Amber20和AmberTools20 解压压缩包 tar -xf Amber20.tar.bz2 tar -xf AmberTools20.tar.bz2 安装串行版 cd amber18 ./configure_cmake.py --prefix /home/xbzhang/Amber20/amber20(安装目录) --no-miniconda(20版自带miniconda带

升级GCC 升级gcc版本，升级到7.1.0以上版本，升级gcc前需要安装GMP 4.2+, MPFR 2.3.1+ and MPC 0.8.0+ 安装gmp 官网：https://gmplib.org/ wget https://gmplib.org/download/gmp/gmp-6.2.1.tar.xz tar -xf gmp-6.2.1.tar.xz cd gmp-6.2.1

GPU4N （85.9） # conda environments: # base /home/chpeng/anaconda3 AI-NCI /home/chpeng/anaconda3/envs/AI-NCI 可删除 DeepPurpose /home/chpeng/anaconda

本地GPU效率

-edit by 周丽萍 下载及安装 需要配合mgltools一起使用，所以需要先安装mgltools Download AutoDock4 – AutoDock (scripps.edu) 二进制版本，解压即可使用 对接流程（以带Ga金属配位的68Ga-FAPi04为例） 准备配体文件 因为gasteiger charges不能处理其中的Ga原子，所以用chem3D算出partial

服务器上面的gcc和g++版本都太老了，所以要自己新建环境，装更新版本的 试了多个版本，gcc11太高了，所以换到了8.5。 另外由于gcc高版本自带的库版本不符合要求，所以同时加上了需要的sysroot_linux-64的版本。这样创建环境的好处是即使这几个包版本不兼容，也可以一起装在一个环境里面。 因为要编译mpi版本，所以openmpi也得装上 conda create -n gcc_8_