模拟计算

Glide How do I dock ligands that contain metals with Glide? | Schrödinger (schrodinger.com) 只有金属为0价，并且配位原子个数不能超过金属本身电荷数时才能正常ligpre，并且有些体系即使通过了ligpre，也不能生成对接构象（原因位置） Gold 对于电荷的处理很粗糙，难以解决金属离子给定电荷的情况

https://zhuanlan.zhihu.com/p/458448501

https://zhuanlan.zhihu.com/p/465048028

Date: Feb1st - Sept1st (2022)

MacKerell Lab (umaryland.edu)

William L. Jorgensen Research Group - OPLS-AA/M for Proteins (yale.edu)

GROMOS力场 Biomolecular Simulation - The GROMOS Software GROMOS – Group for Computer-Aided Chemistry | ETH Zurich GROMOS=Groningen Molecular Simulation：适合烷烃、蛋白、核酸凝聚相的模拟，函数形式简单。A前边的数字代表此力场所含原子类型数目，后面的是