GROMOS

GROMOS力场
  • GROMOS=Groningen Molecular Simulation:适合烷烃、蛋白、核酸凝聚相的模拟,函数形式简单。A前边的数字代表此力场所含原子类型数目,后面的是版本号。
    • G43B1:适用于真空下的模拟,现在基本不用。
    • G43A1:是最早的GROMOS96力场,是联合原子力场(极化的氢才表达出来),用于凝聚相,后面那些都是对这个的小幅改进
    • G43A2:是改进了烷烃中原子类型的二面角参数
    • G45A3:是改了烷烃的VDW参数以更好地符合实验数据(气化焓、可压缩率、压强、水合热等)
    • G45A4:是为了改进核酸的模拟,增加了二面角参数、原子类型、改动了原子电荷
    • G53A5和G53A6:调整了参数,分别使生物分子(蛋白、DNA、糖、脂)在环己烷和水中的溶解自由焓贴近实验值。但是蛋白模拟时的结构比起G45A4却有了缺陷。
    • G54A7/B7:修改了psi/phi的扭转角参数以改正模拟蛋白质时对螺旋的稳定性问题,加入了一个-CH3的原子类型,修改了Na+和Cl-以符合其水合能,加入了一个和手性改变相关的improper项。模拟蛋白质的稳定性比G53A6更好了。G54B7是用于真空模拟,是在G53B6基础上做了类似G54A7对G53A6的改进得到的。