chenyuanjie @chenyuanjie

确定需要的vsREMD副本数（25个） Temperature generator for T-REMD simulations (jerkwin.github.io) space-separated temperature list: 300.00 305.42 310.92 316.49 322.13 327.87 333.69 339.59 345.58 351.65 357.81 36

teakki技能分享教程： 第3期-分子动力学操作 分子动力学操作（GROMACS) 教程来源： GROMACS教程：漏斗网蜘蛛毒素肽的溶剂化研究：Amber99SB-ILDN力场|Jerkwin 原始文档来自 John E. Kerrigan(jkerriga@rutgers.edu, kerrigje@umdnj.edu) 一些关于分子动力学的知识 mkdir –p your_di

TEAKKI教程： MD-复合物体系准备 科研技能分享的： 第3期-分子动力学操作 中文教程 GROMACS教程：漏斗网蜘蛛毒素肽的溶剂化研究：Amber99SB-ILDN力场|Jerkwin CMD/REMD/VSREMD差别: MD (分子动力学模拟): MD是一种基本的分子模拟方法，用于模拟原子或分子在一定时间范围内的运动轨迹。 在MD中，通过牛顿方程和势能函数来模拟系统中粒子的

smina smina --seed 1 --config ../conf0.txt -r ../rep.c0.pdb -l ../test-ligprep-out.sdf -o test.pdb smina进行多个小分子对接时候，结果文件生成pdb或sdf 打分结果一样，但pdb形式的在pymol打开可能是一下情况（我试的几次都是），但sdf的正常。 只对接一个小分子的时候，结果文件是

序列比对和rmsd 蛋白质三维结构比较——如何深度地挖掘进化信息 - 知乎 (zhihu.com) 当两条蛋白质序列的相似度大于30%时，他们的三级结构以及生物学功能也可推测为很接近的。 序列比对（蛋白序列blast）： Job Dispatcher < EMBL-EBI D3POCKET 服务器使用： 23服务器可以 D3pockets静态性质生成 D3CARP（teakki上教程）