chenyuanjie @chenyuanjie

搭建的环境 85.9： 环境-85.9-cyj2和cyj_new conda create --name cyj2 --clone pytorch1.12.1 并添加了一些其他的包 75.3： fcpi， 针对下面文章的 75.1 cyj-d3ai 上面环境cyj-d3ai是85.3上面的pytorch_gpu一样的 D3CARP-AI的靶标预测按照下面步骤使用，（虚筛需要修改

蛋白质表-还比较清楚的: 对接： smina对接 （见对接教程） glide-sp/xp等 （见对接教程） 共价对接： Glide共价虚拟筛选 RDKIT （还没试） RDKit|一站式搞定分子读取、输出、可视化 - 简书 (jianshu.com) 利用RDKit实现有机分子SDF文件与SMILES的相互转换 - 知乎 (zhihu.com)利用RDKit实现有机分

NPClassifier: A Deep Neural Network-Based Structural Classification Tool for Natural Products

20241216组会： 化合物类型： 糖类、醌类、苯丙素类、黄酮类、萜类和挥发油、三萜类、甾体类、生物碱、其他（脂肪酸、有机含硫化合物、氨基酸换台蛋白质和酶、矿物质） 糖类： 多羟基糖或者多羟基酮及其衍生物聚合物的总称 单糖、二塘、多糖…… 醌类 分子内具有不饱和环二酮结构的有机化合物，有苯醌、萘醌、菲醌、蒽醌 苯醌： 萘醌： 菲醌： 蒽醌： 苯丙素类 以C6

smina smina --seed 1 --config ../conf0.txt -r ../rep.c0.pdb -l ../test-ligprep-out.sdf -o test.pdb smina进行多个小分子对接时候，结果文件生成pdb或sdf 打分结果一样，但pdb形式的在pymol打开可能是一下情况（我试的几次都是），但sdf的正常。 只对接一个小分子的时候，结果文件是

选择5A 范围内的氨基酸 图形界面选中配体，A-modify-around 5A residues select near_residues, byres (9ayk within 5 of obj01) 这是小分子为obj01,蛋白为9ayl(里面小分子已扣掉) pymol中文教程： 高级教程 — PyMOL中文教程 2022.09 文档 (chenzhaoqiang.com)

查看某个环境是否可用gpu 先进入目标环境 In [1]: import torch In [2]: print("GPU 数量:", torch.cuda.device_count()) GPU 数量: 4 In [3]: print("PyTorch 版本:", torch.__version__) PyTorch 版本: 2.0.0+cu118 In [4]: print("CUDA 版本