chenyuanjie @chenyuanjie

ProteinMPNN：基于深度学习的蛋白质序列设计模型-腾讯云开发者社区-腾讯云 （这里面的pytorch安装还是按照官网上的进行，教程上的和我们服务器不匹配） 项目链接：ProteinMPNN/README.md at main · dauparas/ProteinMPNN · GitHub 记录： 75.4： 环境名称：mlfold pwd /home/databank/chenyua

选择5A 范围内的氨基酸 图形界面选中配体，A-modify-around 5A residues select near_residues, byres (9ayk within 5 of obj01) 这是小分子为obj01,蛋白为9ayl(里面小分子已扣掉) pymol中文教程： 高级教程 — PyMOL中文教程 2022.09 文档 (chenzhaoqiang.com)

20241113 备份工作多份，如电脑、硬盘、云笔记等 结果可复现 （代码尽量有注释，以保证自己以后可以看得懂。一些代码可传到国内代码仓。在记录中，注意软件版本信息、MD的in文件 md.mdp等文件可以将轨迹处理成隔长点时间的轨迹，一些数据源的版本号，数据处理流程。模型的话要保存pkl文件，） 20260120: 试验记录检查时候，我的里面有部分是直接粘贴的AI的，检查老师说这样的原

20241216组会： 化合物类型： 糖类、醌类、苯丙素类、黄酮类、萜类和挥发油、三萜类、甾体类、生物碱、其他（脂肪酸、有机含硫化合物、氨基酸换台蛋白质和酶、矿物质） 糖类： 多羟基糖或者多羟基酮及其衍生物聚合物的总称 单糖、二塘、多糖…… 醌类 分子内具有不饱和环二酮结构的有机化合物，有苯醌、萘醌、菲醌、蒽醌 苯醌： 萘醌： 菲醌： 蒽醌： 苯丙素类 以C6

国内外15个中医药数据库大集锦 - 今日头条 化合物嵌入到学习的几种表示： 分子表示|如何将化学分子输入到深度学习模型中？（相关文献链接持续更新） - 知乎 2024.11.12 https://mp.weixin.qq.com/s/oyZIHU29xce4Ugd1IUmeJw 这里列了一些数据库 ETCM1.0/2.0 1.0里面有402中药，中药配方3959，成分7284，是X

Tanimoto系数（Tanimoto Coefficient） - JackYang - 博客园 (cnblogs.com) 【2.7.2】集合相似性--谷本系数（Tanimoto Coefficient） - Sam' Note T=交集/并集 取值范围[0,1] 越大越相似 化合物数据集： smiles----描述符Morgan等----降维----可视化

体系--一个空蛋白的vsremd试验流程流水，供参考，可修改 在23上跑的，有些需要去24上处理再转到23上 vsREMD学习/amber-ff19sb\opc 质子化 conda activate pdb2pqr pdb2pqr30 4ztb-a.pdb 4ztb-a.pqr --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.5 --pdb-output 4z