gaoxiangxu

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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间
  • Logs
    2025-6-12:完成drugprotai的部署和使用方法的总结,75.3上创建环境drugprotai供测试。 75.3好像不能从uniprot中获取信息 2025-6-14:原来能,是/Domain/extract中代码的问题,已经修正,然后能跑了第一个程序 2025-6-16: /Domain/topK 也有问题,这都是什么bullshit,topK运行不了一点,直接到特征提取的那一步/
  • 架构设计
    从已有的Drugprotai出发,一步步往前推进,整体框架如下 图。 初步构思:
  • 拓扑变分如何用于寻找对等信息及关系映射
    对等性信息:强约束对等与弱约束对等 信息对等:给定一个信息集M1,M2,如果存在一个(可逆)映射T,使得T(m1 )->m2,m1为M1子集,m2为M2子集。则称m1同m1对等。其中m1|size(mi)min对应的T称之为对m2的强约束对等,其他的为若约束对等。 拓扑变分可用于强约束对等:
  • 文献调研
    CounterResearch:DrugProtAI,SPIDER(http://pmlabstack.pythonanywhere.com/SPIDER),DrugnomeAI (https://astrazeneca-cgr-publications.github.io/DrugnomeAI/) DrugProtAI:输入特征:1.Domain(size==20)--节点内信息对应实体 2.