gaoxiangxu @gaoxiangxu

2026-9-7： 完成beta2AR active 2us的模拟✅ 处理一下轨迹，产生2us的轨迹 ~/Server/S752/Backup/D3Pockets2_testsystem/20260710/beta2AR/active/charmm-gui-8105923869/gromacs 输出到processed_2us 2μs 轨迹处理完成，全部输出到 process_2us/： 处理流

补充modeller的： 输入: 2YDV.pdb（残基 3-214, 223-325 有坐标） rcsbpdb_2YDV.fasta（完整 325 残基序列） │ ▼ 创建序列比对（模板带缺口，目标完整） │ ▼ 从模板提取约束（共 29138 个） 缺口区域（1-

2026-7-27: 封装了一个轨迹处理的skill：Skill created at ~/.config/opencode/skill/md-traj-process/ SKILL.md. Restart opencode to use it. 1. 重启 opencode 使 skill 生效 2. 对话时提到 traj、trjconv、PBC、RMSD 等关键词会自动触发 3. 或手动

输入文件：.inp格式： ！方法 基组 任务 如：HF 6-31G xyz 电荷 自旋多重度 坐标 方法、基组和任务 Pople系 vs Ahlrichs系 6-31G (Pople系，1970s) - 6 — 内层轨道用6个高斯函数展开 - 31 — 价层分裂为两部分（3+1个函数） - — 重原子（非H）加极化d函数

2026-7-10： 测试orca的使用，工作目录：/home/gaoxiangxu/ORCA/test 2.优化与频率计算： ! B3LYP def2-SVP Opt Freq //def2-SVP基组 xyz 0 1 O 0.000000 0.000000 0.117369 H 0.000000 0.756950 -0.469476 H 0.000000 -0.

2026-7-6： matplotlib + scienceplots(提供期刊模板），好像也不是很好看 2026-7-4： FNNs的模型架构图，用pdflatex绘制： pdflatex安装： sudo pacman -S texlive-core sudo pacman -S texlive-latexextra texlive-fontsrecommended pdflatex --v

log 2026-5-24: 工作目录：/home/gaoxiangxu/D3Pockets/testsystem/MDPath_test_cases/beta2_extend/mdpre 下载了双分子层 popc_n128/256 关键的步骤是将复合物体系与pre-oriented的蛋白进行对齐 利用2ydv.pdb对complex.pdb进行对齐✅ 产生 complex_oriented.p