gaoxiangxu @gaoxiangxu

2025-7-4:75.2~/Backup/History_on_Pocket2Druggability是该课题的备份路径。 2025-7-7:等明天讨论的结果 2025-7-8：现在的结果是需要完成的一个管线： MD数据->fpocket/d3pocket->比较结果，发现其中口袋的特征，统计规律 2025-7-14：有点搁置了，感觉锦添师姐数据应该差不多了，稍微花点时间部署D3pocket &

2025-6-25：TCGA目前已经完整下载的数据：CHOL，STAD，ESCA，STAD，LIHC 2025-6-26: 继续下载：PAAD下完了，下UVM,下完了 2025-6-27：继续下载：PCPG下完了，在下载COAD 2025-6-29: 继续下载，下载LYNODE,DLBC,THYM 2025-6-30：继续下载，上面三个的Tumor，在下完COAD之后 2025-7-1：继续下载L

75.3：FIL4TG,drugprotai,CLAM,T2D,oT3To，pD3Dp oT3To belongs to Omics2Target, package includes:pymysql,pandas, cryptography,tensorboardx pD3Dp belongs to Pocket2Druggability，暂时没确定放在哪个 75.2: X_x (处理很多，现在处

2025-6-9:NG4CD通过数据库联通测试（本地/同域跨服务器），存档见75.2下Backup/../NG4CD_mysql 2025-6-10:差异表达分析功能实现未能成功走通 2025-6-12：框架问题汇总 2025-6-16:啥也没做，drugprotai那还没做完，revnet模型还不能一直过来 2025-6-20:有机会重新开始，鸽了 2025-7-1:开始备份，备份路径：/hom

已有架构：85.23/software/D3Pockets_WEB_UCB 环境依赖：D3Pockets（conda），具体参见周丽萍师姐：D3pockets移植及测试 requirement: 75.4：D3pockets( 工作管线： 1.预处理 路径：/home/databank/gxxu/Backup/Moleculardynamics/4D3pocket_input/shs 脚本：2xt

1.第一点，癌症的类型与准确的命名。像是LUAD，COAD，KICH啥的这些常见的就不说了。但是在cBioportal中发现了更加详尽的划分。足足有885种.....具体来说在cBioportal.type_of_cancer中。 但是有个问题，我始终没有找到对患者的分型数据。 patient表里面有患者编号(stable_id)和(cancer_study_id) 现在需要找cancer_stu

咱也不要求多了，只要能融汇贯通一些底层和下面这些模型就好。（主要还是底层的基本功） Porpoise(MMF):生存预测模型，从略 GeSubNet Disease prediction with multi-omics and biomarkers empowers case–control genetic discoveries in the UK Biobank DLVPM Integrat

1.config和conductor的功能重叠的问题，究竟该怎么合并，保留哪个？ 首先，conductor中其实可以有一个组分叫config，但是conductor过余冗余了。最初也就是想要一个统一的写入的结果类。但是现在想来，config中包含各种写入/log配置，只需要额外的增添一个成员函数就可以。尾端的接收更加的精简。总结下来保留config，抛弃conductor 2.事实证明：只要在主函