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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间
  • TVM-变尺度拓扑变分
    前言:TVM,即Topological Variation on Multiscale 用途:可用于广泛的优化和临界点发现,TVM要求在领域内要严格凹凸性 简化原理: #该算法即模型利用的算法的严格与推广版本,在N维欧空间中,算法与遗传算法和贪心算法类似,可用于不涉及梯度的优化,平替梯度下降/牛顿/拟牛顿法。经测试,N=2时,算法将测试值可以很好的收敛于全局最小值。N=3时,还没经过测试,理论上可
  • Logs
    2025-6-12:完成drugprotai的部署和使用方法的总结,75.3上创建环境drugprotai供测试。 75.3好像不能从uniprot中获取信息 2025-6-14:原来能,是/Domain/extract中代码的问题,已经修正,然后能跑了第一个程序 2025-6-16: /Domain/topK 也有问题,这都是什么bullshit,topK运行不了一点,直接到特征提取的那一步/
  • 架构设计
    从已有的Drugprotai出发,一步步往前推进,整体框架如下 图。 初步构思:
  • 拓扑变分如何用于寻找对等信息及关系映射
    对等性信息:强约束对等与弱约束对等 信息对等:给定一个信息集M1,M2,如果存在一个(可逆)映射T,使得T(m1 )->m2,m1为M1子集,m2为M2子集。则称m1同m1对等。其中m1|size(mi)min对应的T称之为对m2的强约束对等,其他的为若约束对等。 拓扑变分可用于强约束对等:
  • 文献调研
    CounterResearch:DrugProtAI,SPIDER(http://pmlabstack.pythonanywhere.com/SPIDER),DrugnomeAI (https://astrazeneca-cgr-publications.github.io/DrugnomeAI/) DrugProtAI:输入特征:1.Domain(size==20)--节点内信息对应实体 2.
  • 过往实现:FIL4TG
    位置:172.21.75.1/3:/home/gxxu/FIL4TG 环境:conda activate FIL4TG 结果未达预期,停止维护,作为后续开发的下游