吴乐云 @lywu

解压缩源代码 tar xvf D3Pocket_web_ucb.tar.gz 配置环境，安装相应的包 conda create -n D3Pockets python=2.7.14 biopython=1.71 cycler=0.10.0 enum34=1.1.6 kiwisolver=1.0.1 numpy=1.14.2 Pillow=5.1.0 pyparsing=2.2.0 pytho

iGuge Helper (https://iguge.xyz/) iGuge Helper (https://iguge.net/)

#注：Excel中SMILES所在列名称需为'SMILES' #yulong.shi #2024.02.20 import pandas as pd import xlsxwriter import openpyxl import os from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Draw

AF2样图1 代码1-分块 #将b_factor对应到每个氨基酸残基上 from biopandas.pdb import PandasPdb file = '/home/databank/lywu/vp37/af2-vp37/ranked_0.pdb' data = PandasPdb().read_pdb(file) #data.df.keys() #data.d

Isatin(91-56-5) 13C NMR spectrum (chemicalbook.com)

服务器：22224 172.21.85.24 /home/lywu/software/gmx/vsremd-2022.5/gromacs-2022.5/build 需要指定高版本gcc和g++的路径，写进环境变量也不太行 cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/lywu/software/gmx/vsremd-2022.5/gromacs-2022.5/ins

cpu256 找到D3Pockets_MD_Script.sh脚本 locate D3Pockets_MD_Script.sh 修改 D3Pockets_MD_Script.sh 中对应的参数和轨迹文件名称，以及并行所需要的核数 conda activate D3pockets nohup sh D3Pockets_MD_Script.sh & 注意事项 1. 最好把感兴趣的构象放到第一

安装所需文件 更改gromacs-5.1.4-lywu/src/programs/mdrun目录下的repl_ex.cpp文件 #22212 #/home/jawang/software mv gromacs-5.1.4.tar.gz gromacs-5.1.4-lywu.tar.gz tar -zxvf gromacs-5.1.4-lywu.tar.gz mv gromacs