D3Pockets安装教程

解压缩源代码

  • tar xvf D3Pocket_web_ucb.tar.gz

配置环境，安装相应的包

  • conda create -n D3Pockets python=2.7.14 biopython=1.71 cycler=0.10.0 enum34=1.1.6 kiwisolver=1.0.1 numpy=1.14.2 Pillow=5.1.0 pyparsing=2.2.0 python-dateutil=2.7.2 pytz=2018.4 scipy=1.0.1 six=1.11.0 subprocess32=3.2.7
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  • conda activate D3Pockets
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  • pip install backports.functools-lru-cache==1.5 enum==0.4.6 pyclustering==0.8.0 matplotlib==2.2.2
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  • pip install fire==0.1.3
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  • pip install nested_dict==1.61
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  • pip install networkx==2.1
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  • pip install mdtraj==1.9.3
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  • pip install mpi4py
很多包直接用conda和pip都装不上，所以到conda-forge (Google conda加上相应包的名称就能搜索到）上下载相应版本的压缩包（相应的安装包附件在下面），再用conda安装
  • conda install --use-local pymol-2.2.0-py27hf484d3e_0.tar.bz2
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  • conda install --use-local glew-2.0.0-0.tar.bz2
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  • conda install --use-local pyqt-5.6.0-py27h22d08a2_6.tar.bz2
升级numpy版本
  • pip install --upgrade numpy

已解决的bug

并且核数大于30的时候就会出现资源暂时不可用的错误，怀疑是服务器本身的设置所致
解决方案，每次运行之前，export OMP_NUM_THREADS=1