吴乐云 @lywu

安装所需文件 更改gromacs-5.1.4-lywu/src/programs/mdrun目录下的repl_ex.cpp文件 #22212 #/home/jawang/software mv gromacs-5.1.4.tar.gz gromacs-5.1.4-lywu.tar.gz tar -zxvf gromacs-5.1.4-lywu.tar.gz mv gromacs

参考链接：https://github.com/shiyu-wangbyte/MM-PB-GB-SA_Benchmarks/tree/main 一、小分子处理 1. gauss计算ESP（略）并拟合小分子RESP电荷 计算ESP这一步说明：个人认为若要使用小分子优化结构作为MD的初始小分子结构则在高斯计算的时候就优化，否则就高斯计算的时候就不要优化了（RESP电荷依赖于结构；且后续EP

参考链接：https://github.com/shiyu-wangbyte/MM-PB-GB-SA_Benchmarks/tree/main 一、小分子处理 1. gauss计算ESP（略）并拟合小分子RESP电荷 计算ESP这一步说明：个人认为若要使用小分子优化结构作为MD的初始小分子结构则在高斯计算的时候就优化，否则就高斯计算的时候就不要优化了（RESP电荷依赖于结构；且后续EP

example PLIP PLIP可以显示疏水相互作用，并且可以导出pse https://plip-tool.biotec.tu-dresden.de/plip-web/plip/index pymol 图A网格 set surface_carve_cutoff, 4.5 set surface_carve_selection, mol set surface_carve_

创建环境时可以conda create -c 加指定的镜像路径 (base) PS C:\Users\lywu> conda config --show channels channels: - defaults conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda co

2022-04-18 短边反转，双面打印

吴乐云