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  • ONIOM优化(QM/MM)
    1.蛋白前处理 根据韩子涧师兄的笔记ONIOM优化(QM/MM)和我做实验遇到的问题二创(2026.01.29),斜体是我增加的内容 PDB网站获得的结构往往发生残基缺失,需要进行补全,或者使用同源建模的结构。尽管同源建模和晶体结构RMSD很小,实际上有很多残基都会发生一定角度的偏离,有时可能会造成结果的定性错误。因此补全晶体结构的好处是结构更准确,但操作繁琐。使用同源建模操作简便,但可能带来误差
  • ONIOM优化参考文档
    1.不同卤素所选的基组不同一般I、Cl(和Br一样)这两者不一样 1ECV为含I的,要有“尾巴” 2GIU为含Br的
  • QM/MM
    为教程、一些标准参考文件、以及实验结果
  • QM/MM实验结果
  • 薛定谔
  • (rdkit) [dddc@localhost sm]$ nohup python pre.py & [1] 150394 (rdkit) [dddc@localhost sm]$ nohup python pre.py & [1] 181523top
  • upyter Notebook的使用
    Jupyter Notebook是集成在Anaconda中的 所以要先安装Anaconda,打开Anaconda 打开 自动加载出网站 打开网页后,你可以点击“+”创建文件,jupyter网页产生的文件会储蓄到你选定的文件夹中。