shaomei @shaomei

将一开始的docking，到实验数据，最后QM/MM /home/databank/sm/251026-phenyl-jxr/ 以“USP30为关键词”和USP30的FASTA序列在PDB Bank(https://www.rcsb.org/）和UniProt（https://www.uniprot.org ）中搜索到所有与USP30相关的结晶蛋白，且具有非共价对接的小分子，作为对接的受体，结果如

"/home/databank/sm/251220-QMMM/QMMM-251010/com-pdb/high-gjf/oniom-3-0110/oniom-HC-H1/oniom-3-3-4/normal/3KDU-result/3KDU-phenyl/docking/3KDU-docking/" 将Cl改为苯基后，传统的glide对接，苯基的会排斥， 解决方法： 我测量了一下苯基直径是4.3

IGM（独立梯度模型）是实现分子间相互作用可视化和定量分析的工具， 尤其擅长高精度识别非共价相互作用（如氢键、范德华力、卤键、疏水作用等）和空间识别位点。 IGM的核心：将整体电子密度的梯度分解为分子内和分子间的贡献（δg_inter 和 δg_intra）。 sign(λ2)ρ 函数（通常映射为颜色）（蓝色=强吸引如氢键，卤键 绿色=弱范德华，红色=空间排斥）。 Multiwfn Mult

我只需要关注NBO分析中的E(2) 一、具体操作步骤 1.先将上一步中提交的id_oniom.gjf所得的.log文件用GV打开（2GIU_oniom-3-4.log） 2.然后选中想要分析的残基与配体（其实就是之前选中的高层原子）’Tools----atom selection----‘ 3.'Ctrl+c----File----New Molecule Group----Ctrl+v'得到