xiahaolun @xiahaolun

下面格式有误，具体pdf版找我要 cMD路径：172.21.85.9 /home/databank1/xhl GaMD路径：75.4/home/databank/xhl/GaMD_3TFL_holo和GaMD_3TFL_apo[hX1] 目录 一、 pymol处理3LFT. 3 二、3LFT_apo_GaMD.. 3 清理pdb文件（clean up Protein PDB files）...

python pocket_volume.py -r "/home/databank/xhl/D3Pockets2/D3Pockets_2.6.6/holo/3LFT_nolig.pdb" -p "/home/databank/xhl/D3Pockets2/D3Pockets_2.6.6/holo/3LFT_nolig_pkt4_pit.pdb" D3Pockets2.0使用说明 版本号：2.

workbudd

Clustering a protein from multiple independent copies – AMBER-hub 二面角 二面角（dihedral） = 4 个原子连成的 2 个平面之间的夹角（-180° ~ 180°）。 蛋白主链二面角：φ, ψ, ω → 用 N / CA / C 这些原子算。 侧链二面角（χ1, χ2…）：用主链 CA + 侧链前几颗重原子（CB、