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杨延青 @yqyang

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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间
  • 图论|拉普拉斯矩阵
    https://mp.weixin.qq.com/s/NivC4uQMPkHNqvjjxgWv4A
    基础知识 2022-03-22 20:09:57    yqyang
  • 周报_2022_2.7-2022_2.12_杨延青
    一、共价分类模型和共价回归模型构建 总体思路：现在的研究思路是以共价信息数据库为基础构建两个序列类型的共价模型，首先构建二分类的共价模型用于判别用户上传的分子是否能够形成共价。若是能形成共价，然后构建回归模型用于预测共价化合物的活性。具体如下： 1. 首先构建基于共价序列的共价分类模型。 （1）对共价数据库进行分析，将该数据库根据靶标类型进行分类，看每一个靶标下面对应多少个共价的化合物。统计共价序
    周报 2022-02-17 21:47:53    yqyang
  • 文献阅读|使用化合物图片作为输入预测化合物靶标相互作用
    https://zhuanlan.zhihu.com/p/465048028
    文献 2022-02-09 16:09:44    yqyang
  • 周报_2022_1.17-2022_1.22_杨延青
    2022.1.17-2022.1.22工作汇报 共价晶体结构数据库构建及共价模型构建 总体思路：同时建立基于序列以及基于晶体结构两个共价模型。具体如下： （1）收集现已发表的共价化合物及其靶标活性等的活性信息建立共价模型的数据库。经调研目前已发表的共价化合物数据库均是给出了小分子的SMILES以及靶标的Uniprot Id，并没有共价晶体结构的数据库。所以首先将目前收集到的共价数据库信息以序列的形
    周报 2022-02-07 09:44:30    yqyang
  • 文献阅读|使用AI方法预测CPI综述
    https://zhuanlan.zhihu.com/p/458448501
    文献 2022-01-17 15:21:58    yqyang
  • 周报_2022_1.10-2022_1.15_杨延青
    2022.1.10-2022.1.15工作汇报 一、共价晶体结构数据库构建及共价模型构建 1. 背景 已有的共价数据库： （1）共价数据库收集了所有可能形成共价的化合物的相关信息。一共有10327条数据（化合物SMILES和蛋白Uniport对）。但是其中的晶体结构记录只有340条，并且没有给出PDB ID。 （2）该数据库和CovalentInDB非
    周报 2022-01-17 09:57:10    yqyang
  • 药物设计技术目录
    药物设计相关技术 2022-01-17 09:12:38    yqyang