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  • 3.21 PLpro disulfide bond
    前期实验中，未检查二硫键，经检查，PLpro是存在二硫键的，且那个位置晶体结构还解不出来 RMSF的结果，200左右氨基酸区域波动大，未考虑二硫键造成的影响很大哇，故全部重新准备体系 蛋白准备 输入文件 # 7cmd体系，缺氨基酸，采用swiss-model根据7cmd同源模建得到蛋白 grep -v HETATM 7cmd_complex.pdb |awk '$5=="A"{print
    HSBD 2025-03-21 19:33:32    zhouzhaoyin
  • 3.21 hsp90-29sys
    高斯优化 # 感谢睿童的大力帮助！ # 脚本又做了一次修改：当sdf中多个原子带电时，读取电荷信息的方式需要变化 24 /home/databank/rtluo/autoMD/test-20250321/ # 每个文件夹下只能一个文件，不然会彼此影响而报错 # 可以在上级目录下执行脚本，会递归寻找下面所有文件夹里的任务
    MD 2025-03-21 14:29:22    zhouzhaoyin
  • 3.17 md补充实验
    前期工作中，对11个送测活性的成分与mpro（二聚体）/ plpro（三聚体）都做了100ns的CMD模拟。初步分析轨迹，mmgsba计算结合自由能发现，结合自由能与活性数据相关性较差，且涉及PLpro的三聚体的复合物CMD模拟构象波动极大。故计划将CMD模拟部分作为活性测试后的分子机制（蛋白-配体作用）阐明。梳理后的逻辑为：对有活性的4个源自HSBD的关键天然产物进行mpro/plpro 的D3
    HSBD 2025-03-20 18:34:15    zhouzhaoyin
  • koff-part4 jarzynski
    MD 2025-03-18 17:27:42    zhouzhaoyin
  • 3.15 初稿
    3.11 去北京的飞机上，跟老师们确认了下，还是先不费功夫去跟deepseek结合了，先把文章框架写出来 3.12-3.14 把文章框架大概写完了，有一些地方需要补实验： MD部分 文献调研：类似文章中MD意义 Exploring TβRI inhibitors from Arenaria kansuensis based on 3D-QSAR, molecular docking an
    HSBD 2025-03-18 12:57:44    zhouzhaoyin
  • 3.10 host guest 2
    # 4090 /home/data/zzy/koff/smd/host-guest/test1 cp /home/data/zjhan/diffusion_calculation/aspirin/box_50/npt/npt.gro ./ cp /home/data/zjhan/diffusion_calculation/aspirin/box_50/gmx.top ./ cp /home/
    MD 2025-03-10 19:57:19    zhouzhaoyin
  • 3.10 host guest
    v100的轨迹正在转移至4090，转移完成后删除v100的数据（300G） # 4090 /home/data/zzy/koff/smd/host-guest/test1 cp /home/data/zjhan/diffusion_calculation/aspirin/box_50/npt/npt.gro ./ cp /home/data/zjhan/diffusion_calculat
    MD 2025-03-10 19:50:11    zhouzhaoyin
  • 3.6 jarzynski PMF
    85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hiv-1/smd3/jarzynski-pmf/B439-test/jarzynski-PMF-test.ipynb 晚上经师姐指导，不该对W进行积分，就是要算随着cv，W的变化，那其实就是每一个 dx 算一个W就好 SMD就是用来获取解离路径，预测大致的过渡态，每一个极大值点一般上对应着关键相互作用的破坏 输入数据 8
    MD 2025-03-08 21:49:51