3.21 PLpro disulfide bond

蛋白准备

输入文件

# 7cmd体系，缺氨基酸，采用swiss-model根据7cmd同源模建得到蛋白
grep -v HETATM 7cmd_complex.pdb |awk '$5=="A"{print}' >7cmd_apo_clean.pdb

# 化湿败毒方中的3个活性成分，直接复制
23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/plpro-disulfide-bond/sys-pre/pro/clean_apo
cp ../../../../2025-4bioactive/sys-pre/pro/d3dock_noH_PL_* ./
# 经检查，d3dock中的PLpro都不存在二硫键（2.1A左右），这些结构的CYS之间距离都在3.5A左右

二硫键的特殊处理

# 直接从同源模建蛋白结构出发，用tleap读取，存成新的蛋白文件，再进行二硫键相关的处理
23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/plpro-disulfide-bond/sys-pre/pro/clean_apo


1）找到形成二硫键的氨基酸，把残基名字改为CYX；
2）删掉CYX的所有H；
3）用tleap中的bond连接二硫键，可以在cpptraj中的trajout output.pdb conect命令中输出CONET信息检查


grep -v "H   CYX" 5eg4-pdb2pqr-tleap.pdb|grep -v "HA  CYX"|grep -v "HB2 CYX"|grep -v "HB3 CYX" >pro-tleap.pdb