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  • MD 流程化
    2025-2-26 2.2 使用 tleap 生成 Amber 参数文件 输入文件：配体参数，蛋白结构，配体结构 输出文件：Amber MD 参数文件（.prmtop 和 .inpcrd） 脚本：md_parm_gen.py 负责人：周兆寅 一次成功的GPT辅助脚本撰写，几次request如下： 告知输入和输出，脚本的目的，以及核心代码 补充要求，加个用户自定义参数 粗看一
    MD 2025-03-30 13:12:38    zhouzhaoyin
  • 轨迹分析 （5sys+2active)
    The results are presented in three parts: (i) the “Dynamic Behavior of Complexes” section, which discusses RMSD and RMSF analyses; (ii) the “Predicted Highly Frequent Residues of Ligand Binding” secti
    HSBD 2025-03-22 14:29:50    zhouzhaoyin
  • 3.21 PLpro disulfide bond
    前期实验中，未检查二硫键，经检查，PLpro是存在二硫键的，且那个位置晶体结构还解不出来 RMSF的结果，200左右氨基酸区域波动大，未考虑二硫键造成的影响很大哇，故全部重新准备体系 蛋白准备 输入文件 # 7cmd体系，缺氨基酸，采用swiss-model根据7cmd同源模建得到蛋白 grep -v HETATM 7cmd_complex.pdb |awk '$5=="A"{print
    HSBD 2025-03-21 19:33:32    zhouzhaoyin
  • 3.21 hsp90-29sys
    高斯优化 # 感谢睿童的大力帮助！ # 脚本又做了一次修改：当sdf中多个原子带电时，读取电荷信息的方式需要变化 24 /home/databank/rtluo/autoMD/test-20250321/ # 每个文件夹下只能一个文件，不然会彼此影响而报错 # 可以在上级目录下执行脚本，会递归寻找下面所有文件夹里的任务
    MD 2025-03-21 14:29:22    zhouzhaoyin
  • 3.17 md补充实验
    前期工作中，对11个送测活性的成分与mpro（二聚体）/ plpro（三聚体）都做了100ns的CMD模拟。初步分析轨迹，mmgsba计算结合自由能发现，结合自由能与活性数据相关性较差，且涉及PLpro的三聚体的复合物CMD模拟构象波动极大。故计划将CMD模拟部分作为活性测试后的分子机制（蛋白-配体作用）阐明。梳理后的逻辑为：对有活性的4个源自HSBD的关键天然产物进行mpro/plpro 的D3
    HSBD 2025-03-20 18:34:15    zhouzhaoyin
  • koff-part4 jarzynski
    MD 2025-03-18 17:27:42    zhouzhaoyin
  • 3.15 初稿
    3.11 去北京的飞机上，跟老师们确认了下，还是先不费功夫去跟deepseek结合了，先把文章框架写出来 3.12-3.14 把文章框架大概写完了，有一些地方需要补实验： MD部分 文献调研：类似文章中MD意义 Exploring TβRI inhibitors from Arenaria kansuensis based on 3D-QSAR, molecular docking an
    HSBD 2025-03-18 12:57:44    zhouzhaoyin
  • 10.21 MD Operation
    Written in front Please remember that this is a very rough tutorial (honestly, I’m somewhat ashamed to call it a tutorial because it’s too rough). The only purpose of this "tutorial" is to help you na
    share 2025-03-11 14:46:48    zhuziyu