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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • system pre
    MD 2025-07-07 18:52:35    zhouzhaoyin
  • command
    代码思路 1.先明确想做的事，人该怎么做 2.写伪代码，小规模测试 3.写正常代码（可以尝试GPT） 跨服务器传输（同步） # md2 是当前服务器目录下，你要传输（同步）到另一台服务器的文件夹名称 rsync -rzP md2 172.21.75.2:/home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/1um_cmd/3kr9_A_pair5/ python ar
    share 2025-07-07 09:26:10    zhouzhaoyin
  • obabel
    计算重原子数 obabel vs Chemistry Toolkit Rosetta — Open Babel openbabel-3-1-1 documentation obabel frag_4.2_C2H5NO2.pdb -otxt --title "" --append atoms -d num=`obabel frag_4.2_C2H5NO2.pdb -otxt --title ""
    share 2025-07-05 15:44:25    zhouzhaoyin
  • food_etcm
    23 /home/databank_70t/zzy/database/food_tcm/0623_all 结构检索 23 /home/databank_70t/zzy/database/food_tcm/search_structure
    share 2025-06-26 11:33:36    zhouzhaoyin
  • platform & database
    share 2025-06-26 11:32:00    zhouzhaoyin
  • share 2025-06-12 19:46:23    zhouzhaoyin
  • D3PM
    布局 # 75.3 # D3PM MD轨迹数据集构建前期工作中，首先测试了MD自动化流程，现在该流程可用，详细内容见对应的笔记 # 输入的体系需要自己手动准备，准备工作统一在sys-pre中进行 (base) dddc@ubuntu:/home/data/zyzhou/project/D3PM$ ls sys-pre test-MD-auto workdir # MD体系构建-
    MD 2025-06-12 15:59:06    zhouzhaoyin
  • HSP90
    高斯优化 23 /home/databank_70t/zzy/g16/koff-pdbbind/hsp90 ################### do.sh ################################################################## for i in {1..9}; do a=$((i 10)) b=$((a -
    MD 2025-06-09 17:29:22    zhouzhaoyin