计算重原子数

obabel frag_4.2_C2H5NO2.pdb -otxt --title "" --append atoms -d
num=`obabel frag_4.2_C2H5NO2.pdb -otxt --title "" --append atoms -d`
# --title "" 不输出标题，-d 忽略氢原子
# 案例：samuel 合作课题 cut-mol 20240409 cut_dock_0409.sh 中通过该命令直接得到一个数值（HAC），这个可以可以传入shell变量,从而计算配体效率（docking score/HAC)

文件格式转换

# cdx-smi
obabel -icdx LC3-11.cdxml -osmi -O LC3-11.smi


# mol2-smi
obabel -imol2 n2-31.mol2 -osmi -O n2-31.smi

合并分子

obabel -imol ../file/*mol -osdf -O 163mol.sdf

拆分分子

obabel rc17-mimetics.sdf -O new.sdf -m
# 更优解
obabel rc17-mimetics.sdf --split -osdf