D3PM

布局

# 75.3 
# D3PM MD轨迹数据集构建前期工作中，首先测试了MD自动化流程，现在该流程可用，详细内容见对应的笔记
# 输入的体系需要自己手动准备，准备工作统一在sys-pre中进行
(base) dddc@ubuntu:/home/data/zyzhou/project/D3PM$ ls
sys-pre  test-MD-auto  workdir

# MD体系构建-得到npt3.gro
# 布局如下，正常完成的体系从mode0/1文件夹中取出放进finished；报错的放进failed
# 做了特殊处理的体系放入need_discussion（比如3n0y，配体质子化状态需要核实，目前完成的是中性/3负电的体系）
(base) dddc@ubuntu:/home/data/zyzhou/project/D3PM/workdir$ ls
failed  finished  mode0  mode1  need_discussion

关键参数

GMX版本

配体高斯优化关键词

力场

盒子大小

位置限制

mdp