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  • HSP90
    高斯优化 23 /home/databank_70t/zzy/g16/koff-pdbbind/hsp90 ################### do.sh ################################################################## for i in {1..9}; do a=$((i 10)) b=$((a -
    MD 2025-06-08 14:54:49    zhouzhaoyin
  • HIS 质子化预测
    Q：HIS 在 生理条件下的质子化状态应该是HID吗？在对PDB库中蛋白结构进行质子化预测时，如何确定氨基酸的质子化状态？目前市面上的质子化预测软件如pdb2pqr用的是什么算法？ 玻尔AI的回答： 在生理条件下（通常指 pH 约为 7.4），组氨酸 (Histidine, His) 的咪唑侧链具有接近中性的 pKa 值，这使得它在生理 pH 范围内可以处于质子化（带正电，HIP 状态）、去质子化
    share 2025-06-07 11:33:51    zhouzhaoyin
  • discussion
    share 2025-06-07 11:31:40    zhouzhaoyin
  • write
    文章最新版 初稿 Fig_table 最新版 所需材料（随时更新） 葛根芩连汤、麻杏石甘汤量效的循证医学评价_赵思佳.pdf 网药分析 PPI 85.3 /home/yqyang/zzy/project/hsbd/np/ppi/analysis awk '$2>0.02{print}' dc_bc_cc |awk
    HSBD 2025-06-07 10:21:32    zhouzhaoyin
  • https://chatgpt.com/s/dr_6842474dc45c8191a27a16ff52b6c41e
    MD 2025-06-07 08:51:22    zhouzhaoyin
  • hiv-1
    高斯优化 24 /home/databank/zzy/g16/koff-pdbbind/hiv-1 ################### do.sh ################################################################## for i in {1..4}; do a=$((i 10)) b=$((a - 9))
    MD 2025-06-05 16:33:06    zhouzhaoyin
  • 数据集原始 mol2
    MD 2025-06-05 15:21:38    zhouzhaoyin
  • koff dataset SMD
    680个复合物体系 探索过程 PDBbind koff 数据集下载下来有两个文件夹 after_md initial_structure initial_structure 是从晶体结构收集的，如果配体没有复合物结构，用对接获得坐标 after_md 是跑了 2ns 限制性MD后的结果 initial_structure 里的配体结构都有挺多问题的 如 5j86_ligand_30_5
    MD 2025-06-05 15:17:05    zhouzhaoyin