zhouzhaoyin

zhouzhaoyin @zhouzhaoyin

16 粉丝 11 关注

组织

@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • 5.26 浏览 D3PM 体系
    MD 2025-06-05 14:33:48    zhouzhaoyin
  • Schrodinger
    https://downloadly.net/2020/20/7589/03/schrodinger-suites/00/?#/7589-schrodin-062201061413.html薛定谔安装包下载网站 172.21.75.1 (4090) /home/dddc/zzy/software 原文件位置：172.21.85.23 /home/dddc/software/Schrodinge
    share 2025-06-05 11:53:56    zhouzhaoyin
  • modification
    atom_name_check.py 75.3 /home/data/zyzhou/project/D3PM/test-MD-auto/raw_test_modify/pre_equ_modify/pro_clean # 在测试中发现当氢原子穿插出现在 SDF 文件中 时不能正确匹配和更新非氢原子的坐标 # 已做了修改，可以正确处理该情况下的配体 lig_parameter_cal.py
    MD 2025-06-04 19:00:22    zhouzhaoyin
  • 5.27 sys pre (g16)
    由于 lig_parameter_cal.py 不能自动将任务排队，所以得我分批提交 配体高斯优化 由于脚本里只能识别sdf文件的电荷，原始数据集又没有sdf文件，所以得手动转换 75.3 /home/data/zyzhou/project/koff/pdbbind_dataset/mol2_obabel_sdf for i in `cat index`;do nohup obabel -i
    MD 2025-06-04 08:44:05    zhouzhaoyin
  • 课题组服务器信息
    登新服务器前需要的知识： 熟练使用shell常用命令（ls , cd , pwd , mv , top , ps 等） 对服务器的cpu数目，线程数，任务管理有基本认识 环境变量的基本认识 conda的基本操作 以下内容由乐云师姐首次整理，后续课题组成员陆续补充维护 欢迎大家对本页进行持续更新维护 账号密码 75.3(2025.03.14,4090 8) 172.21.75.3 d
    share 2025-06-03 16:06:45    zhouzhaoyin
  • 5.29 get npt.gro
    进度 高斯优化：250 / 569 蛋白结构清洗：10 / 250 预平衡：3 / 10 检查高斯优化情况 tail -n1 /lig / log # 检查是否 Normal termination of Gaussian 16 at xxxxx(Time) 体系 1-100 # 75.3 /home/data/zyzhou/project/koff/pdbbind_datase
    MD 2025-05-30 12:58:31    zhouzhaoyin
  • MD auto 相关注意事项
    MD auto 更新日记 2025-5-29 修改 atom_name_check.py 解决当氢原子穿插出现在 SDF 文件中时不能正确匹配和更新非氢原子的坐标的问题 现有版本的注意事项 version 2025-5-29 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/MD-automation/example/scripts-clean 无法处理二硫键
    share 2025-05-30 11:43:29    zhouzhaoyin
  • pH condition for MD traj Dataset
    PDBBind 使用的是中性条件 “For convenience, the “standard” protonation states at neutral pH were applied to the amino acid residues on the protein side. Thus, Asp, Glu, and His residues were negatively charge
    MD 2025-05-28 15:05:21    zhouzhaoyin